Genomic monitoring unveil the early detection of the SARS-CoV-2 B.1.351 (beta) variant (20H/501Y.V2) in Brazil

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Slavov, Svetoslav N. ^[1] ; Patane, Jose S. L. ^[2] ; Bezerra, Rafael dos Santos ^[1] ; Giovanetti, Marta ^{[3, 4]} ; Fonseca, Vagner ^{[3, 5, 6]} ; Martins, Antonio J. ^[2] ; Viala, Vincent L. ^[2] ; Rodrigues, Evandra S. ^[1] ; Santos, Elaine V. ^[1] ; Barros, Claudia R. S. ^[2] ; Marqueze, Elaine C. ^[2] ; Santos, Bibiana ; Aburjaile, Flavia ^[3] ; Neto, Raul M. ^[2] ; Moretti, Debora B. ^[2] ; Haddad, Ricardo ^[2] ; Calado, Rodrigo T. ^{[7, 1]} ; Kitajima, Joao P. ^[8] ; Freitas, Erika ^[8] ; Schlesinger, David ^[8] ; Junior de Alcantara, Luiz C. ^{[3, 4]} ; Elias, Maria C. ^[2] ; Sampaio, Sandra C. ^[2] ; Kashima, Simone ^[1] ; Covas, Dimas T. ^{[7, 2, 1]}

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Sao Paulo, Fac Med Ribeirao Preto, Blood Ctr Ribeirao Preto, Sao Paulo - Brazil

^[2] Butantan Inst, Sao Paulo - Brazil

^[3] Univ Fed Minas Gerais, Inst Ciencias Biol, Belo Horizonte, MG - Brazil

^[4] Fiocruz MS, Inst Oswaldo Cruz, Rio De Janeiro - Brazil

^[5] Minist Saude, CGLAB SVS MS, Coordenacao Geral Lab Saude Publ, Secretaria Vigilancia Saude, Brasilia, DF - Brazil

^[6] Univ KwaZulu Natal, KwaZulu Natal Res Innovat & Sequencing Platform K, Durban - South Africa

^[7] Univ Sao Paulo, Fac Med Ribeirao Preto, Sao Paulo - Brazil

^[8] Mendel Analise Genom SA, Sao Paulo - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Journal of Medical Virology; v. 93, n. 12 JUL 2021.
• Citações Web of Science: 4

Resumo

Sao Paulo State, currently experiences a second COVID-19 wave overwhelming the healthcare system. Due to the paucity of SARS-CoV-2 complete genome sequencing, we established a Network for Pandemic Alert of Emerging SARS-CoV-2 Variants to rapidly understand and monitor the spread of SARS-CoV-2 variants into the state. Through analysis of 210 SARS-CoV-2 complete genomes obtained from the largest regional health departments we identified cocirculation of multiple SARS-CoV-2 lineages such as B.1.1 (0.5%), B.1.1.28 (23.2%), B.1.1.7 (alpha variant, 6.2%), B.1.566 (1.4%), B.1.544 (0.5%), C.37 (0.5%) P.1 (gamma variant, 66.2%), and P.2 (zeta variant, 1.0%). Our analysis allowed also the detection, for the first time in Brazil, the South African B.1.351 (beta) variant of concern, B.1.351 (501Y.V2) (0.5%), characterized by the following mutations: ORF1ab: T265I, R724K, S1612L, K1655N, K3353R, SGF 3675\_F3677del, P4715L, E5585D; spike: D80A, D215G, L242\_L244del, A262D, K417N, E484K, N501Y, D614G, A701V, C1247F; ORF3a: Q57H, S171L, E: P71L; ORF7b: Y10F, N: T205I; ORF14: L52F. The most recent common ancestor of the identified strain was inferred to be mid-October to late December 2020. Our analysis demonstrated the P.1 lineage predominance and allowed the early detection of the South African strain for the first time in Brazil. We highlight the importance of SARS-CoV-2 active monitoring to ensure the rapid detection of potential variants for pandemic control and vaccination strategies. (AU)

• Processo FAPESP: 20/10127-1 - Desenvolvimento de vacina contra a COVID-19
• Beneficiário: Dimas Tadeu Covas
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Pesquisa em Políticas Públicas
• Processo FAPESP: 18/15826-5 - Avaliação do impacto de vírus emergentes e re-emergentes em hemoterapia e transplante de células-tronco por meio de técnicas moleculares avançadas
• Beneficiário: Svetoslav Nanev Slavov
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 13/08135-2 - CTC - Centro de Terapia Celular
• Beneficiário: Dimas Tadeu Covas
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs
• Processo FAPESP: 20/05367-3 - Uso de plasma de doador convalescente para tratar pacientes com infecção grave pelo SARS-CoV-2 (COVID-19)
• Beneficiário: Rodrigo do Tocantins Calado de Saloma Rodrigues
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 20/00694-6 - Como o processo de replicação do DNA contribui para o sucesso da infecção causada por Trypanosoma cruzi
• Beneficiário: Maria Carolina Quartim Barbosa Elias Sabbaga
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 17/26950-6 - Aloimunização eritrocitária na doença falciforme: identificação de variantes do sistema rh e de marcadores imunológicos
• Beneficiário: Evandra Strazza Rodrigues Sandoval
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado