Metagenome assembled-genomes reveal similar functional profiles ofCPR/Patescibacteria phyla in soils

Autor(es)

Lemos, Leandro Nascimento ^[1] ; Manoharan, Lokeshwaran ^{[2, 3]} ; Mendes, Lucas William ^[1] ; Venturini, Andressa Monteiro ^[1] ; Pylro, Victor Satler ^[4] ; Tsai, Siu Mui ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Sao Paulo, Ctr Nucl Energy Agr CENA, Cell & Mol Biol Lab, Piracicaba - Brazil

^[2] Univ Vienna, Dept Ecogen & Syst Biol, Div Archaea Biol & Ecogen, Vienna - Austria

^[3] Lund Univ, Natl Bioinformat Infrastruct Sweden NBIS, Lund - Sweden

^[4] Fed Univ Lavras UFLA, Dept Biol, Microbial Ecol & Bioinformat Lab, Lavras - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS; v. 12, n. 6, p. 651-655, DEC 2020.
• Citações Web of Science: 3

Resumo

Soil microbiome is one of the most heterogeneous biological systems. State-of-the-art molecular approaches such as those based on single-amplified genomes (SAGs) and metagenome assembled-genomes (MAGs) are now improving our capacity for disentailing soil microbial-mediated processes. Here, we analysed publicly available datasets of soil microbial genomes and MAG's reconstructed from the Amazon's tropical soil (primary forest and pasture) and active layer of permafrost, aiming to evaluate their genome size. Our results suggest that the Candidate Phyla Radiation (CPR)/Patescibacteria phyla have genomes with an average size fourfold smaller than the mean identified in the RefSoil database, which lacks any representative of this phylum. Also, by analysing the potential metabolism of 888 soil microbial genomes, we show that CPR/Patescibacteria representatives share similar functional profiles, but different from other microbial phyla and are frequently neglected in the soil microbial surveys. Finally, we argue that the use of MAGs may be a better choice over SAGs to expand the soil microbial databases, like RefSoil. (AU)

• Processo FAPESP: 17/24037-1 - Diversidade e evolução de características genômicas funcionais associadas com o ciclo do metano e do nitrogênio em metagenomas de solos amazônicos
• Beneficiário: Leandro Nascimento Lemos
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Processo FAPESP: 17/09643-2 - Comunidades microbianas do solo na conversão floresta-pastagem: uma abordagem multi-ômica
• Beneficiário: Andressa Monteiro Venturini
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Processo FAPESP: 14/50320-4 - Dimensões US-BIOTA - São Paulo: pesquisa colaborativa: integrando as dimensões da biodiversidade microbiana ao longo de áreas de alteração do uso da terra em florestas tropicais
• Beneficiário: Tsai Siu Mui
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático
• Processo FAPESP: 16/18215-1 - Modelagem integrativa e in silico de dados multi-ômicos de comunidades de Archaea associadas à metanogênese em solos amazônicos
• Beneficiário: Leandro Nascimento Lemos
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 15/13546-7 - Capacidade de resiliência de comunidades microbianas avaliada por metagenômica e metatranscriptômica em solos de floresta e pastagem da Amazônia
• Beneficiário: Andressa Monteiro Venturini
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado