ALDI-TOF mass spectrometry of saliva samples as a prognostic tool for COVID-1

Autor(es):Mostrar menos -

Lazari, Lucas C. ^[1] ; Zerbinati, Rodrigo M. ^[2] ; Rosa-Fernandes, Livia ^{[1, 3]} ; Santiago, Veronica Feijoli ^[1] ; Rosa, Klaise F. ^[1] ; Angeli, Claudia B. ^[1] ; Schwab, Gabriela ^[2] ; Palmieri, Michelle ^[4] ; Sarmento, Dmity J. S. ^[4] ; Marinho, Claudio R. F. ^[3] ; Almeida, Janete Dias ^[5] ; To, Kelvin ^[6] ; Giannecchini, Simone ^[7] ; Wrenger, Carsten ^[8] ; Sabino, Ester C. ^[9] ; Martinho, Herculano ^[10] ; Lindoso, Jose A. L. ^{[11, 12, 13]} ; Durigon, Edison L. ^[14] ; Braz-Silva, Paulo H. ^{[4, 2]} ; Palmisano, Giuseppe ^[1]

Afiliação do(s) autor(es):Mostrar menos -

^[1] Univ Sao Paulo, Dept Parasitol, GlycoProte Lab, ICB, Sao Paulo - Brazil

^[2] Univ Sao Paulo, Sch Med, Inst Trop Med Sao Paulo, Lab Virol LIM HC FMUSP 52, Sao Paulo - Brazil

^[3] Univ Sao Paulo, Dept Parasitol, Lab Expt Immunoparasitol, ICB, Sao Paulo - Brazil

^[4] Univ Sao Paulo, Sch Dent, Dept Stomatol, Sao Paulo - Brazil

^[5] Sao Paulo State Univ, Inst Sci & Technol, Dept Biosci & Oral Diag, Sao Jose Dos Campos - Brazil

^[6] Univ Hong Kong, Carol Yu Ctr Infect, Dept Microbiol, State Key Lab Emerging Infect Dis, Li KaShing Fac, Hong Kong - Peoples R China

^[7] Univ Florence, Dept Expt & Clin Med, Florence - Italy

^[8] Univ Sao Paulo, Dept Parasitol, Unit Drug Discovery, ICB, Sao Paulo - Brazil

^[9] Univ Sao Paulo, Sch Med, Inst Trop Med Sao Paulo, Sao Paulo - Brazil

^[10] Univ Fed ABC, Ctr Ciencias Nat & Humanas, Santo Andre, SP - Brazil

^[11] Univ Sao Paulo, Sch Med, Dept Infect Dis, Sao Paulo - Brazil

^[12] Inst Infect Dis Emilio Ribas, Sao Paulo - Brazil

^[13] Univ Sao Paulo, Sch Med, Inst Trop Med Sao Paulo, Lab Protozool LIM HC FMUSP 49, Sao Paulo - Brazil

^[14] Univ Sao Paulo, Dept Microbiol, Lab Clin & Mol Virol, ICB, Sao Paulo - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: OURNAL OF ORAL MICROBIOLOG; v. 14, n. 1 DEC 31 2022.
• Citações Web of Science: 0

Resumo

Background The SARS-CoV-2 infections are still imposing a great public health challenge despite the recent developments in vaccines and therapy. Searching for diagnostic and prognostic methods that are fast, low-cost and accurate are essential for disease control and patient recovery. The MALDI-TOF mass spectrometry technique is rapid, low cost and accurate when compared to other MS methods, thus its use is already reported in the literature for various applications, including microorganism identification, diagnosis and prognosis of diseases. Methods Here we developed a prognostic method for COVID-19 using the proteomic profile of saliva samples submitted to MALDI-TOF and machine learning algorithms to train models for COVID-19 severity assessment. Results We achieved an accuracy of 88.5%, specificity of 85% and sensitivity of 91.5% for classification between mild/moderate and severe conditions. When we tested the model performance in an independent dataset, we achieved an accuracy, sensitivity and specificity of 67.18, 52.17 and 75.60% respectively. Conclusion Saliva is already reported to have high inter-sample variation; however, our results demonstrates that this approach has the potential to be a prognostic method for COVID-19. Additionally, the technology used is already available in several clinics, facilitating the implementation of the method. Further investigation using a larger dataset is necessary to consolidate the technique. (AU)

• Processo FAPESP: 18/15549-1 - Modificações pós-traducionais nos processos biológicos e no diagnóstico da Doença de Chagas: novas abordagens metodológicas e implicações biológicas
• Beneficiário: Giuseppe Palmisano
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores - Fase 2
• Processo FAPESP: 20/06409-1 - Avaliação da resposta imune humoral e da resposta inflamatória em pacientes com diagnóstico confirmado de COVID-19 no Hospital Sírio Libanês e correlação com a severidade da doença
• Beneficiário: Edison Luiz Durigon
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 20/04923-0 - Glicosilação do SARS-CoV-2 para identificação das características estruturais da COVID-19
• Beneficiário: Giuseppe Palmisano
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 18/18257-1 - EMU concedido no processo 14/06863-3: sistema de cromatografia líquida configurado para análise de carboidratos, aminoácidos, peptídeos e glicoproteínas
• Beneficiário: Giuseppe Palmisano
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Processo FAPESP: 15/26722-8 - Drug discovery contra doenças infecciosas humanos
• Beneficiário: Carsten Wrenger
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 17/03966-4 - Alvejando a via de recuperação e biossíntese de ácido lipoico em MRSA
• Beneficiário: Carsten Wrenger
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 21/07490-0 - Biomarcadores salivares da COVID-19 e co-infecções virais respiratórias
• Beneficiário: Paulo Henrique Braz da Silva
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 18/20468-0 - Recrudescimento da malária durante a gestação: efeitos e mecanismos
• Beneficiário: Cláudio Romero Farias Marinho
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular