Connecting multiple microenvironment proteomes uncovers the biology in head and neck cancer

Autor(es):Mostrar menos -

Busso-Lopes, Ariane F. ; Neves, Leandro X. ; Camara, Guilherme A. ; Granato, Daniela C. ; Pretti, Marco Antonio M. ; Heberle, Henry ; Patroni, Fabio M. S. ; Sa, Jamile ; Yokoo, Sami ; Rivera, Cesar ; Domingues, Romenia R. ; Normando, Ana Gabriela C. ; De Rossi, Tatiane ; Mello, Barbara P. ; Galdino, Nayane A. L. ; Pauletti, Bianca A. ; Lacerda, Pammela A. ; Rodrigues, Andre Afonso N. ; Casarim, Andre Luis M. ; De Lima-Souza, Reydson A. ; Damas, Ingrid I. ; Mariano, Fernanda, V ; Gollob, Kenneth J. ; Medina, Tiago S. ; Cervigne, Nilva K. ; Prado-Ribeiro, Ana Carolina ; Brandao, Thais Bianca ; Villa, Luisa L. ; Uno, Miyuki ; Boroni, Mariana ; Kowalski, Luiz Paulo ; Gonzalez-Arriagada, Wilfredo Alejandro ; Leme, Adriana F. Paes

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: NATURE COMMUNICATIONS; v. 13, n. 1, p. 24-pg., 2022-11-07.

Resumo

The poor prognosis of head and neck cancer (HNC) is associated with metastasis within the lymph nodes (LNs). Herein, the proteome of 140 multisite samples from a 59-HNC patient cohort, including primary and matched LN-negative or -positive tissues, saliva, and blood cells, reveals insights into the biology and potential metastasis biomarkers that may assist in clinical decision-making. Protein profiles are strictly associated with immune modulation across datasets, and this provides the basis for investigating immune markers associated with metastasis. The proteome of LN metastatic cells recapitulates the proteome of the primary tumor sites. Conversely, the LN microenvironment proteome highlights the candidate prognostic markers. By integrating prioritized peptide, protein, and transcript levels with machine learning models, we identify nodal metastasis signatures in blood and saliva. We present a proteomic characterization wiring multiple sites in HNC, thus providing a promising basis for understanding tumoral biology and identifying metastasis-associated signatures. The biological understanding of poor prognosis associated with lymph node metastasis in head and neck cancer (HNC) remains crucial. Here, a proteomic characterisation of 140 multisite samples from a 59-HNC patient cohort and machine learning reveals potential biomarkers and metastasis related signatures. (AU)

• Processo FAPESP: 19/21815-9 - Análise de N-terminômica "multiplex" dos secretomas gerados pela MMP-2 e ADAM17 em culturas de cardiomiócitos utilizando a proteômica quantitativa com TMT-TAILS
• Beneficiário: Ariane Fidelis Busso Lopes
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 15/19191-6 - Análise proteômica do fronte de invasão em carcinomas de células escamosas de cabeça e pescoço com metástase regional
• Beneficiário: Ariane Fidelis Busso Lopes
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 15/50612-8 - An integrated approach to explore a novel paradigm for biofuel production from lignocellulosic feedstocks
• Beneficiário: Telma Teixeira Franco
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 09/53998-3 - EMU: aquisição de sistema com plataforma para microdissecção por captura a laser aplicada em estudos de biologia celular e molecular
• Beneficiário: Tsai Siu Mui
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Processo FAPESP: 18/18496-6 - O papel do álcool na transformação de células orais mediada por vesículas extracelulares
• Beneficiário: Adriana Franco Paes Leme
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 11/00417-3 - Biologia de sistemas aplicada a agricultura: análise de transcriptomas e interactomas
• Beneficiário: Marcelo Mendes Brandao
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 09/54067-3 - EMU: aquisição de um espectrômetro de massas acoplado a cromatografia líquida para permitir ampliar a capacidade de atendimento de usuários e disponibilizar novas tecnologias no Laboratório de Espectrometria de Massas do Centro de Biologia Molecular Estrutural (ABTLUS)
• Beneficiário: Adriana Franco Paes Leme
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Processo FAPESP: 10/19278-0 - Estudo da regulação de ADAMs em câncer oral
• Beneficiário: Adriana Franco Paes Leme
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 16/07846-0 - Análise peptidômica de vesículas extracelulares originadas de linhagens celulares, saliva e plasma de pacientes com carcinoma de células escamosas da cavidade oral
• Beneficiário: Adriana Franco Paes Leme
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular