RNA-seq transcriptome profiling of pigs' liver in response to diet with different sources of fatty acids

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Fanalli, Simara Larissa ; Silva, Bruna Pereira Martins ; Gomes, Julia Dezen ; Durval, Mariah Castro ; de Almeida, Vivian Vezzoni ; Moreira, Gabriel Costa Monteiro ; Silva-Vignato, Barbara ; Afonso, Juliana ; Freitas, Felipe Andre Oliveira ; Reecy, James Mark ; Koltes, James Eugene ; Koltes, Dawn ; Garrick, Dorian ; Regitano, Luciana Correia de Almeida ; Balieiro, Julio Cesar de Carvalho ; Mourao, Gerson Barreto ; Coutinho, Luiz Lehmann ; Fukumasu, Heidge ; de Alencar, Severino Matias ; Luchiari Filho, Albino ; Cesar, Aline Silva Mello

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: FRONTIERS IN GENETICS; v. 14, p. 14-pg., 2023-01-25.

Resumo

Pigs (Sus scrofa) are an animal model for metabolic diseases in humans. Pork is an important source of fatty acids (FAs) in the human diet, as it is one of the most consumed meats worldwide. The effects of dietary inclusion of oils such as canola, fish, and soybean oils on pig gene expression are mostly unknown. Our objective was to evaluate FA composition, identify changes in gene expression in the liver of male pigs fed diets enriched with different FA profiles, and identify impacted metabolic pathways and gene networks to enlighten the biological mechanisms' variation. Large White male pigs were randomly allocated to one of three diets with 18 pigs in each; all diets comprised a base of corn and soybean meal to which either 3% of soybean oil (SOY), 3% canola oil (CO), or 3% fish oil (FO) was added for a 98-day trial during the growing and finishing phases. RNA sequencing was performed on the liver samples of each animal by Illumina technology for differential gene expression analyses, using the R package DESeq2. The diets modified the FA profile, mainly in relation to polyunsaturated and saturated FAs. Comparing SOY vs. FO, 143 differentially expressed genes (DEGs) were identified as being associated with metabolism, metabolic and neurodegenerative disease pathways, inflammatory processes, and immune response networks. Comparing CO vs. SOY, 148 DEGs were identified, with pathways related to FA oxidation, regulation of lipid metabolism, and metabolic and neurodegenerative diseases. Our results help explain the behavior of genes with differential expression in metabolic pathways resulting from feeding different types of oils in pig diets. (AU)

• Processo FAPESP: 21/06553-8 - Associação entre parâmetros bioquímicos do soro sanguíneo de suínos alimentados com diferentes fontes de ácidos graxos e o perfil transcriptômico do fígado
• Beneficiário: Julia Dezen Gomes
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Iniciação Científica
• Processo FAPESP: 20/10042-6 - Perfil lipídico e do transcriptoma do cérebro de suínos alimentados com diferentes fontes de óleo
• Beneficiário: Bruna Pereira Martins da Silva
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 18/15653-3 - Efeito da adição de ácido oléico na dieta de suínos sobre o perfil da resposta imunológica e de ácidos graxos de diferentes tecidos
• Beneficiário: Aline Silva Mello Cesar
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 18/26816-0 - Efeito da adição de ácido oléico na dieta de suínos sobre o perfil da resposta imunológica e de ácidos graxos de diferentes tecidos
• Beneficiário: Julia Dezen Gomes
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Processo FAPESP: 14/02493-7 - Neoplasias mamárias de cadelas e a teoria das células-tronco cancerosas: uma abordagem comparada e translacional
• Beneficiário: Heidge Fukumasu
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 17/25180-2 - Efeito da adição de ácido oléico na dieta de suínos sobre o perfil da resposta imunológica e de ácidos graxos de diferentes tecidos
• Beneficiário: Aline Silva Mello Cesar
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 18/26797-6 - Efeito da adição de ácido oléico na dieta de suínos sobre o perfil da resposta imunológica e de ácidos graxos de diferentes tecidos
• Beneficiário: Julia Pereira Martins da Silva
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica