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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Fragmentation features of intermolecular cross-linked peptides using N-hydroxy-succinimide esters by MALDI- and ESI-MS/MS for use in structural proteomics

Texto completo
Autor(es):
Santos, Luiz F. A. [1, 2] ; Iglesias, Amadeu H. [1, 2] ; Gozzo, Fabio C. [1, 2]
Número total de Autores: 3
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Estadual Campinas, Inst Chem, BR-13083970 Campinas, SP - Brazil
[2] Inst Nacl Ciencia & Tecnol Bioanalit, BR-13083970 Campinas, SP - Brazil
Número total de Afiliações: 2
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Journal of Mass Spectrometry; v. 46, n. 8, p. 742-750, AUG 2011.
Citações Web of Science: 9
Resumo

The use of mass spectrometry coupled with chemical cross-linking of proteins has become one of the most useful tools for proteins structure and interactions studies. One of the challenges in these studies is the identification of the cross-linked peptides. The interpretation of the MS/MS data generated in cross-linking experiments using N-hydroxy succinimide esters is not trivial once a new amide bond is formed allowing new fragmentation pathways, unlike linear peptides. Intermolecular cross-linked peptides occur when two different peptides are connected by the cross-linker and they yield information on the spatial proximity of different domains (within a protein) or proteins (within a complex). In this article, we report a detailed fragmentation study of intermolecular cross-linked peptides, generated from a set of synthetic peptides, using both ESI and MAID! to generate the precursor ions. The fragmentation features observed here can be helpful in the interpretation and identification of cross-linked peptides present in cross-linking experiments and be further implemented in search engine's algorithms. Copyright (C) 2011 John Wiley \& Sons, Ltd. (AU)

Processo FAPESP: 07/55930-1 - Desenvolvimento de compostos quinazolínicos inibidores de adenosina quinase para uso terapêutico
Beneficiário:Kleber Gomes Franchini
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Parceria para Inovação Tecnológica - PITE
Processo FAPESP: 08/57805-2 - Instituto de Bioanalítica
Beneficiário:Lauro Tatsuo Kubota
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático
Processo FAPESP: 04/14846-0 - Rede de proteoma do estado de São Paulo
Beneficiário:Fabio Cesar Gozzo
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA