Busca avançada
Ano de início
Entree
(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Virus-Like Attachment Sites and Plastic CpG Islands: Landmarks of Diversity in Plant Del Retrotransposons

Texto completo
Autor(es):
Cruz, Guilherme M. Q. [1] ; Metcalfe, Cushla J. [1] ; de Setta, Nathalia [2] ; Cruz, Edgar A. O. [1] ; Vieira, Andreia Prata [1] ; Medina, Rosario [1] ; Van Sluys, Marie-Anne [1]
Número total de Autores: 7
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Sao Paulo, IB, Dept Bot, BR-09500900 Sao Paulo - Brazil
[2] Univ Fed ABC UFABC, Sao Paulo - Brazil
Número total de Afiliações: 2
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: PLoS One; v. 9, n. 5 MAY 21 2014.
Citações Web of Science: 2
Resumo

Full-length Del elements from ten angiosperm genomes, 5 monocot and 5 dicot, were retrieved and putative attachment (att) sites were identified. In the 2432 Del elements, two types of U5 att sites and a single conserved type of U3 att site were identified. Retroviral att sites confer specificity to the integration process, different att sites types therefore implies lineage specificity. While some features are common to all Del elements, CpG island patterns within the LTRs were particular to lineage specific clusters. All eudicot copies grouped into one single clade while the monocots harbour a more diverse collection of elements. Furthermore, full-length Del elements and truncated copies were unevenly distributed amongst chromosomes. Elements of Del lineage are organized in plants into three clusters and each cluster is composed of elements with distinct LTR features. Our results suggest that the Del lineage efficiently amplified in the monocots and that one branch is probably a newly emerging sub-lineage. Finally, sequences in all groups are under purifying selection. These results show the LTR region is dynamic and important in the evolution of LTR-retrotransposons, we speculate that it is a trigger for retrotransposon diversification. (AU)

Processo FAPESP: 12/14610-2 - Tratamento bioinformático em larga escala de sequências de cana de açúcar e busca de padrões em elementos de transposição
Beneficiário:Rosario Alejandra Medina Rodríguez
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Processo FAPESP: 09/51632-1 - Análises estruturais, funcionais e evolutivas de helitrons em cana-de-açúcar
Beneficiário:Nathalia de Setta Costa
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 08/58243-8 - Retrotransposons das famílias scMaximus, scAle e scDel: desvendando as interações com o genoma da cana-de-açúcar
Beneficiário:Guilherme Marcello Queiroga Cruz
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 12/02671-7 - Homólogos a At-thi1 em cana-de-açúcar: estudo molecular e funcional
Beneficiário:Andréia Prata Vieira
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 09/09217-7 - Estudos sobre a organização do genoma de cana de açúcar e expressão gênica associada a presença de elementos de transposição
Beneficiário:Cushla J Metcalfe
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 08/52074-0 - Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function
Beneficiário:Marie-Anne van Sluys
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático