Busca avançada
Ano de início
Entree
(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

De Novo Assembly and Transcriptome Analysis of the Rubber Tree (Hevea brasiliensis) and SNP Markers Development for Rubber Biosynthesis Pathways

Texto completo
Autor(es):
Mantello, Camila Campos [1] ; Cardoso-Silva, Claudio Benicio [1] ; da Silva, Carla Cristina [1] ; de Souza, Livia Moura [1] ; Scaloppi Junior, Erivaldo Jose [2] ; Goncalves, Paulo de Souza [3] ; Vicentini, Renato [1] ; de Souza, Anete Pereira [1, 4]
Número total de Autores: 8
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Estadual Campinas UNICAMP, CBMEG, Sao Paulo - Brazil
[2] Agencia Paulista Tecnol Agronegocios, Sao Paulo - Brazil
[3] IAC, Sao Paulo - Brazil
[4] Univ Estadual Campinas UNICAMP, Inst Biol, Dept Biol Vegetal, Sao Paulo - Brazil
Número total de Afiliações: 4
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: PLoS One; v. 9, n. 7 JUL 21 2014.
Citações Web of Science: 39
Resumo

Hevea brasiliensis (Willd. Ex Adr. Juss.) Muell.-Arg. is the primary source of natural rubber that is native to the Amazon rainforest. The singular properties of natural rubber make it superior to and competitive with synthetic rubber for use in several applications. Here, we performed RNA sequencing (RNA-seq) of H. brasiliensis bark on the Illumina GAIIx platform, which generated 179,326,804 raw reads on the Illumina GAIIx platform. A total of 50,384 contigs that were over 400 bp in size were obtained and subjected to further analyses. A similarity search against the non-redundant (nr) protein database returned 32,018 (63%) positive BLASTx hits. The transcriptome analysis was annotated using the clusters of orthologous groups (COG), gene ontology (GO), Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), and Pfam databases. A search for putative molecular marker was performed to identify simple sequence repeats (SSRs) and single nucleotide polymorphisms (SNPs). In total, 17,927 SSRs and 404,114 SNPs were detected. Finally, we selected sequences that were identified as belonging to the mevalonate (MVA) and 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate (MEP) pathways, which are involved in rubber biosynthesis, to validate the SNP markers. A total of 78 SNPs were validated in 36 genotypes of H. brasiliensis. This new dataset represents a powerful information source for rubber tree bark genes and will be an important tool for the development of microsatellites and SNP markers for use in future genetic analyses such as genetic linkage mapping, quantitative trait loci identification, investigations of linkage disequilibrium and marker-assisted selection. (AU)

Processo FAPESP: 11/50188-0 - Mapeamento genético molecular em Hevea brasiliensis
Beneficiário:Camila Campos Mantello
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 12/50491-8 - Avaliação da variabilidade alélica, estrutura populacional e desequilíbrio de ligação no germoplasma ex situ de seringueira (Hevea brasiliensis)
Beneficiário:Anete Pereira de Souza
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 09/52975-0 - Construção de um mapa funcional em seringueira (Hevea brasiliensis)
Beneficiário:Carla Cristina da Silva
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 07/50562-4 - Construção de um mapa genético-molecular com microssatélites e mapeamento de locos ligados à tolerância ao frio e outras características de importância econômica em seringueira
Beneficiário:Anete Pereira de Souza
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 12/11109-0 - Análise in silico do transcriptoma e de sequências genômicas de cana-de-açúcar: identificação de SNPs, análise da expressão alelo-específica e desenvolvimento e caracterização de microssatélites
Beneficiário:Cláudio Benício Cardoso da Silva
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 12/05473-1 - Avaliação do desequilíbrio de ligação e estrutura populacional no germoplasma ex situ de seringueira (Hevea Brasiliensis) através de marcadores moleculares SNP (Single Nucleotide Polymorphism)
Beneficiário:Livia Moura de Souza
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 08/55974-1 - Mapeamento genético molecular de Hevea brasiliensis
Beneficiário:Camila Campos Mantello
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Mestrado