Genômica e filogenômica de grupos de algas vermelhas pouco estudados da subclasse Nemaliophycidade (Rhodophyta): ordens Acrochaetiales, Balliales, Colaconematales, Corynodactylales, Entwisleales, Ottiales e Rhodachlyales

• Processo: 24/08953-1
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2025
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2028
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Botânica - Taxonomia Vegetal
• Pesquisador responsável: Orlando Necchi Junior
• Beneficiário: Orlando Necchi Junior
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 25/04975-3 - Genômica e filogenômica de grupos de algas vermelhas pouco estudados da subclasse Nemaliophycidade (Rhodophyta): ordens Acrochaetiales, Balliales, Colaconematales, Corynodactylales, Entwisleales, Ottiales e Rhodachlyales, BP.PD
• Assunto(s): Filogenia Genômica Rhodophyta Filogenia molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Filogenômica | genomas organelares | Genômica | Nemaliophycidae | Rhodophyta | Sistemática Molecular | Filogenia de algas

Resumo

A grande maioria das espécies de algas vermelhas encontra-se na classe Florideophyceae, que contem cinco subclasses (Hildenbrandiophycidae, Nemaliophycidae, Corallinophycidae, Ahnfeltiophycidae e Rhodymeniophycidae). Nemaliophycidae é uma das mais diversas taxonomicamente e representa um grupo ideal para estudar a evolução das algas vermelhas. É a única subclasse que compreende ordens com táxons exclusivamente continentais (Balbianiales, Batrachospermales, Ottiales e Thoreales) ou de ocorrência marinha e de água doce (Acrochaetiales). Estudos recentes demonstraram que as quatro ordens de água doce são relativamente distantes filogeneticamente e apenas um clado que agrupa algumas ordens teve alto suporte as relações filogenéticas entre todas as outras ordens foram mal resolvidas. Dentre as doze ordens de Nemaliophycidade, cinco (Balbianiales, Batrachospermales, Nemaliales, Palmariales e Thoreales) estão relativamente bem estudadas com base no número de genomas disponíveis em relação ao número de espécies desses grupos. O foco do projeto será nas sete ordens ainda pouco estudadas ou sem genomas publicados: Acrochaetiales, Balliales, Colaconematales, Corynodactylales, Entwisleales, Ottiales e Rhodachlyales. O projeto é uma abordagem filogenômica ampla com ênfase nessas sete ordens pouco ou ainda não estudadas da subclasse Nemaliophycidade baseada em genomas organelares (plastidiais e mitocondriais) envolvendo número de espécies representativo para cada ordem. Os resultados gerados permitirão testar as seguintes hipóteses: 1) Considerando que os grupos taxonômicos a serem estudados são bastante diversos e relativamente distantes filogeneticamente dentro das Nemaliophycidae, a análise comparativa das características genômicas deverão apresentar grandes diferenças e amplas variações em relação aos genomas já descritos para as demais ordens (Balbianiales, Batrachospermales, Nemaliales, Palmariales e Thoreales). 2) As análises filogenômicas permitirão inferir filogenias robustas entre as ordens e elucidar as relações atualmente não resolvidas entre os vários clados. A árvore filogenética obtida com base nessas análises será robusta evidenciando clados com alto suporte e mostrará claramente as relações entre eles. Essas análises permitirão a proposição de um sistema de classificação sólido para a subclasse. 3) As análises de genômica comparativa e filogenômica com base em dados de todas as ordens de Nemaliophycidae elucidarão aspectos da transição de ambientes marinhos para continentais das ordens exclusivas de água doce (Balbianiales, Batrachospermales, Ottiales e Thoreales). As análises demonstrarão que o surgimento e posterior radiação dessas quatro linhagens representaram eventos independentes dentro da história evolutiva da subclasse. Para testar estas hipóteses os seguintes objetivos são propostos: a) descrever as características dos genomas plastidiais e mitocondriais (tamanho, posição, número total de genes e de genes codificadores, conteúdo de GC, número de íntrons, entre outras) de espécies representativas das ordens Acrochaetiales, Balliales, Colaconematales, Corynodactylales, Entwisleales e Rhodachlyales; b) realizar análise filogenômica visando inferir as relações filogenéticas entre todas as ordens para elucidar seu posicionamento dentro de Nemaliophycidae; c) aplicar os dados para levantar possíveis explicações no processo de transição de ambientes marinhos para continentais. O projeto proposto compreende aspectos de grande relevância: i) será a investigação genômica mais ampla e representativa para a subclasse Nemaliophycidae; ii) fornecerá informações valiosas para análises filogenômicas e de genômica comparativa em relação a membros das demais subclasses de Florideophyceae; iii) gerará um conjunto robusto de dados para todas as ordens, que permitirão avaliação geral da transição de ambientes marinhos para continentais. (AU)