Programas Estratégicos
Programa FAPESP de Pesquisa em Bioenergia (BIOEN)
Programa FAPESP de Pesquisa em eScience e Data Science
Programa FAPESP de Pesquisa sobre Mudanças Climáticas Globais (PFPMCG)
Programa FAPESP para o Atlântico Sul e Antártica (PROASA)
Programa FAPESP QuTIa (Quantum Technologies InitiAtive) em Tecnologias Quânticas
Programas de pesquisa direcionados a aplicações (empresas e governo)
Programas para apoio à Pesquisa em e com Empresas
Consórcios Setoriais para Inovação Tecnológica (CONSITEC)
Programa Pesquisa Inovativa em Pequenas Empresas (PIPE)
Programas para apoio à Colaboração em Pesquisa entre Universidades / Institutos e Empresas
Pesquisa em Parceria para Inovação Tecnológica (PITE)
Centros de Pesquisa Aplicada (CPA)
Pesquisa sobre Políticas Públicas
Centros de Ciência para o Desenvolvimento (CCD)
Programa de Pesquisa em Políticas Públicas da FAPESP (PPPP)
Programa de Pesquisa para o SUS (PP-SUS)
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Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão (CEPID)
Programas de Infraestrutura de Pesquisa
Apoio à Infraestrutura de Pesquisa
Museus, Centros Depositários de Informações e Documentos e de Coleções Biológicas
Scientific Electronic Library Online (SciELO)
Programas encerrados
Apoio à Propriedade Intelectual (PAPI/NUPLITEC)
Cooperação Interinstitucional de Apoio à Pesquisa sobre o Cérebro (CInAPCe)
Pesquisa em Centros de Ciências do Estado de São Paulo
Rede de Biologia Estrutural em Tópicos Avançados de Ciências da Vida (Smolbnet)
Rede de Diversidade Genética de Vírus (VGDN)
Sistema Integrado de Hidrometeorologia do Estado de São Paulo (SIHESP)
Sistema Paulista de Parques Tecnológicos
Tecnologia da Informação no Desenvolvimento da Internet Avançada (TIDIA)