Implementacao otimizada de algoritmos estocasticos para alinhamento multiplo de sequencias em clusters de arquitetura beowulf.

• Processo: 03/12892-1
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2004
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2006
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: José Márcio Machado
• Beneficiário: José Márcio Machado
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Simulated annealing
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Alinhamentos Multiplos | Clusters Beowulf | Familias De Proteinas | Simulated Annealing

Resumo

O presente Projeto tem como objetivo o desenvolvimento de ferramentas de software capazes de implementar, em um cluster de arquitetura Beowulf, algoritmos de alinhamento múltiplo de seqüências baseados em princípios estocásticos. Especial atenção será dirigida às técnicas baseadas em "Simulated Annealing" e variantes, esperando-se atingir não só o estado da arte quanto a posse de programas baseados nesta técnica, como também explorar desenvolvimentos teóricos recentes capazes de levar a contribuições originais nessa área. O trabalho será dividido em duas fases: a construção do cluster propriamente dito e a implementação e validação dos programas, que serão aplicados a seguir em problemas de determinação de famílias de proteínas. (AU)