Implantação do laboratório de estocagem e distribuição de clones do Projeto Genoma da Cana-de-Açúcar (SucEST)

• Processo: 00/02898-4
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2000
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2005
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Jesus Aparecido Ferro
• Beneficiário: Jesus Aparecido Ferro
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 00/12034-7 - Implantação do laboratório de estocagem e distribuição de clones do Projeto Genoma da cana-de-açúcar (SUCEST), BP.TT; 00/12033-0 - Implantação do laboratório de estocagem e distribuição de clones do Projeto Genoma da cana-de-açúcar (SUCEST), BP.TT
• Assunto(s): Genomas Clonagem Cana-de-açúcar Genoma Cana-de-Açúcar - SucEST
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cana-De-Acucar | Clones | Distribuicao | Est | Estocagem | Genoma

Resumo

Dentre os Projetos Genoma desenvolvidos dentro da rede ONSA, o do Sequenciamento de Etiquetas Expressas (ESTs) da cana-de-açúcar (SUCEST) produziu o maior e melhor banco de genes desta planta disponível até hoje (http://sucest.lad.ic.unicamp.br/en/). O Projeto Sucest foi concebido pelo Prof. Dr. Paulo Arruda, seu coordenador, tendo como meta principal a identificação de 50.000 genes da cana-de-açúcar através do sequenciamento de clones de bibliotecas de cDNA preparadas a partir de vários tecidos da planta (raiz, colmo, folhas, flores e semente, etc.) e, para esta tarefa, 23 (vinte e três) grupos foram selecionados para fazerem o sequenciamento e geraram 291.689 sequências de ESTs que, após processamento pelo programa CAP 3 deram origem a 43.141 genes diferentes (c1usters + sequências únicas). Estas informações geradas pelo sequenciamento r devem ser analisadas e utilizadas em estudos funcionais que levem a um melhor entendimento dos processos bioquímicos e fisiológicos relacionados ao crescimento e desenvolvimento da cana, bem dos mecanismos de defesa contra estresses de natureza biótica (patógenos) e abiótica (seca, frio, salinidade, etc). Estes conhecimentos, associados à manipulação genética e o melhoramento genético clássico, é que possibilitarão o desenvolvimento de novas variedades destas plantas que contenham características produtivas e/ou de qualidade que todos desejam. Nos projetos genoma onde se deseja o sequenciamento completo do DNA cromossomal (genômico), a estratégia utilizada é a construção de bibliotecas shotgun e bibliotecas de cosmídeos ou BACs. Nestes casos, uma vez obtida a sequência de nucleotídeos os clones físicos contendo os genes não são tão importantes, uma vez que as sequências ou genes desejados podem ser c1onados por PCR a partir do DNA genômico original. Este não é o caso dos projetos genoma em que se deseja obter apenas as sequências dos genes expressos (ESTs) nos diferentes órgãos ou estruturas de um organismo, em determinadas situações. Assim, nos projetos ESTs, sequências que representem genes de baixo nível de expressão podem aparecer apenas uma vez na biblioteca de cDNA. Uma vez perdido estes clones, a obtenção de um outro igual não é tão fácil como no caso de uma sequência genômica, pois para obtê-lo novamente é necessário isolar o RNA do órgão ou estrutura desejada e, através da técnica de RT-PCR, tentar clonar o gene a partir do mRNA específico. Fica claro então a importância de não se perder o clone obtido originalmente. Mantido em condições adequadas, este clone pode ser viável por um tempo indefinido e ser então adquirido e utilizado pelos pesquisadores de instituições públicas e privadas para o desenvolvimento de suas pesquisas ou de produtos. Há uns poucos Centros destes no mundo onde é possível obter clones contendo genes de interesse. Os dois mais conhecidos são o American Type Culture Collection (ATCC ¬http://www.atcc.org/) e o Integrated Molecular Analysis of Genomes and their Expression (IMAGE Consortium -http://image.llnl.gov/). Nestes dois Centros estão armazenados genes de projetos ESTs dos genomas humanos, de rato, de camundongo, de Xenopus laevis, de macaco rhesus e de Oania rerio (zebrafish). Desde a sua concepção o Projeto SUCEST previa a necessidade de um local onde os clones contendo as seqüências geradas pudessem ser armazenados de uma forma segura e, desta forma, pudessem ser utilizados pelos pesquisadores interessados, participantes ou não do Projeto. O nosso grupo se interessou por montar esta estrutura e candidatou-se para implantá-lo, juntamente com o grupo da Copersucar. Após avaliação das propostas pela FAPESP, nosso grupo foi selecionado para implantar esta estrutura. Assim, nascido da necessidade de se armazenar os clones gerados pelo projeto Projeto Genoma da Cana-de-Açúcar (SUCEST), o Laboratório de Estocagem e Distribuição de Clones (Centro Brasileiro de Estocagem de Genes - Brazilian Clone Collection Center (BCCCenter)), foi inaugurado em 24 de abril de 2001, na Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, UNESP-Campus de Jaboticabal, e no decorrer deste período se consolidou como um Centro depositário de clones. Estão hoje armazenados em suas dependências todos os clones gerados pelos diferentes projetos Genoma FAPESP, com exceção do Genoma Câncer, e de projetos financiados pelo CNPq. (AU)