"ARTIZIMA- Ferramenta computacional para evolução in silico de enzimas utilizadas em biorefinarias"

• Processo: 09/08405-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2009
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2009
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Renato Luis Tame Parreira
• Beneficiário: Andréia Vieira Do Nascimento
• Vinculado ao auxílio: 07/59308-3 - Artizima - ferramenta computacional para evolução in silico de enzimas utilizadas em biorefinarias, AP.PIPE
• Assunto(s): Banco de dados Computação Enzimas Evolução molecular Química teórica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Algoritmo Evolutivo | Banco de dados | Enzimas industriais | evolução molecular | programação de computadores | Química Teórica | Computação

Resumo

Em termos técnicos e práticos, o projeto ARTIZIMA possui um caráter interdisciplinar, relacionado às frentes de biotecnologia e bioinformática. A frente de biotecnologia já foi executada no laboratório do Prof. Dr. Richard John Ward, onde seu grupo conseguiu selecionar 23 enzimas xilanases mutantes. As simulações de Dinâmica Molecular geram trajetórias moleculares que serão avaliadas por programas de análises: Ligações de Hidrogênio (LH) e Ramachandran, entre outros. Essas análises contribuirão para as funções de fitness. Desse modo, o pacote de simulação de Dinâmica Molecular GROMACS será utilizado como módulo de simulação molecular, sendo suas trajetórias acessadas pelos programas de análises. Partes dos códigos dos programas no pacote GROMACS poderão ser utilizados para a confecção dos programas de análises, desde que bem entendidos. Toda informação das funções de fitness associadas a todos os mutantes serão armazenadas num banco de dados que será construído.