Estudo e aplicação de técnicas de programação concorrente para otimização do Web Service ORF de bioinformática

• Processo: 11/08898-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2011
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2012
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Mauricio Bacci Junior
• Beneficiário: Wélliton de Souza
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Rio Claro. Rio Claro , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Programação concorrente
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Desempenho computacional | Orf | otimização | programação concorrente | Worf | Bioinformática

Resumo

Tem se tornado cada vez mais comum o uso de uma série de ferramentas de Bioinformática, integradas em um pipeline, visando realizar a anotação automatizada de milhões de sequências nucleotídicas. Pensando nisso, está em desenvolvimento em nosso Laboratório de Evolução Molecular na UNESP, Campus de Rio Claro, como parte do Projeto de Doutorado FAPESP 2009/52289-9, um sistema para pré-processamento e anotação de genomas e metagenomas, baseado em serviços web, para análise de sequências de formiga Attini. O primeiro componente desse sistema é o WORF, um web service para a busca e tradução conceitual de ORFs, desenvolvido em duas linguagens de programação distintas e com duas metodologias de serviços web, REST e SOAP. Testes preliminares de desempenho com o WORF mostraram que o uso da linguagem Java e do protocolo SOAP reduzem o tempo de processamento das sequências e geram uma taxa menor de erro. O presente projeto de Iniciação Científica objetiva realizar uma revisão bibliográfica das técnicas de programação concorrente para softwares de bioinformática, verificar e aplicar a melhor técnica para o WORF e realizar novas atividades de testes de desempenho do componente. Este estudo a e aplicação de seus resultados serão fundamentais para o desenvolvimento dos próximos componentes do pipeline já otimizados, visando atender a demanda de processamento de sequências geradas por sequenciadores de nova geração. (AU)