Estudo das interações proteína-proteína usando estruturas primárias

• Processo: 11/11402-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2011
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2012
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Silvana Giuliatti
• Beneficiário: Ricardo Kazuhiro Kavanishi
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Proteínas Biologia computacional Aprendizado computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Aprendizagem de Maquina | bioinformática | cadeias primarias | Proteinas | Bioinformática

Resumo

O conhecimento das interações proteína-proteína é de grande importância, pois estão envolvidas na maioria dos processos biológicos, sendo a base dos processos celulares. Entretanto, muitos métodos são limitados pela necessidade de conhecimento prévio sobre a proteína em estudo, como é o caso de algumas técnicas bioquímicas, como coimunopreciptação, que necessita que informações sobre a bioquímica e funcionalidade da proteína estejam disponíveis. Esse problema é intensificado quando o trabalho visa estudar proteínas recém descobertas. Além do emprego de técnicas experimentais, muitos métodos computacionais têm sido desenvolvidos e aplicados, complementando o processo de detecção das interações proteína-proteína. Alguns desses métodos também dependem, não somente de informações sobre a sequência, mas também de algum conhecimento prévio como, por exemplo, de dados estruturais e/ou dados de expressão. Como solução a esse problema, algoritmos para predição de interação de pares de proteínas, a partir de suas estruturas primárias, têm sido desenvolvidos. Esses algoritmos fazem uso de algoritmos de aprendizagem de máquina (AM), máquinas de vetores de suporte (SVM) (refs). Portanto, o objetivo desse projeto é o estudo de algoritmos de AM aplicados a PPI, baseados em pares de cadeias primárias de proteínas, a fim de se avaliar a viabilidade de sua aplicação em casos de PPI, envolvendo proteínas que oferecem como informação, apenas sua estrutura primária, como no caso de proteínas recém-descobertas. (AU)