Redução de dimensão no modelo de genotipagem seletiva para seleção genômica em características de eficiência alimentar em gado nelore

• Processo: 12/10225-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2012
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2013
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Henrique Nunes de Oliveira
• Beneficiário: Iara Del Pilar Solar Diaz
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Assunto(s): Seleção genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Componentes Principais supervisionados | Redução de Dimensão | selecao genomica | Seleção Genômica

Resumo

Atualmente, a grande quantidade de informações de marcadores SNPs gerada tem possibilitado o aumento na velocidade do ganho genético na população de bovinos, principalmente em características que são onerosas ou difíceis de serem mensuradas como a eficiência alimentar, por exemplo. Entretanto, o grande número de informações obtidas na genotipagem dos animais tem gerado controvérsias entre os pesquisadores sobre a melhor forma de avaliar tanta informação e, se os métodos estatísticos atualmente utilizados têm reproduzido de forma fidedigna a variabilidade aliada às características poligênicas. Tal preocupação se tornou ainda maior quando os fenótipos que são utilizados em tais metodologias são provenientes de um número reduzido de animais, considerados animais "elites". Um dos principais desafios então é predizer o valor genético dos animais através da construção de modelos estatísticos que possam lidar com um banco de dados que possui elevada quantidade de marcadores com um reduzido número de observações. Vários modelos de regressão têm sido utilizados, os quais consideram o marcador como uma variável aleatória, entretanto a intercorrelação, devida ao desequilíbrio de ligação entre os marcadores, causa a multicolinearidade aumentando significativamente o erro padrão. Alternativamente, modelos de redução de dimensionalidade têm sido propostos para lidar com tais efeitos. Desta forma, o objetivo deste projeto será testar a metodologia dos componentes principais supervisionados como forma de reduzir a dimensionalidade, onde uma pré-seleção dos SNPs é realizada baseada na relação existente entre o SNP e o fenótipo, na seleção genômica em características de eficiência alimentar de animais Nelore.