Modelos Ocultos de Markov na identificação de domínios conservados de elementos transponíveis (LTR-Retroelementos)

• Processo: 14/14589-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Sistemas de Computação
• Pesquisador responsável: Carlos Norberto Fischer
• Beneficiário: Mariana Fantini
• Instituição Sede: Instituto de Geociências e Ciências Exatas (IGCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Rio Claro. Rio Claro , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Processos de Markov Retroelementos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Elementos transponíveis | Modelos Ocultos de Markov | Bioinformática

Resumo

O Grupo de Bioinformática de Rio Claro desenvolveu um ambiente computacional, o SATE Comp, voltado para auxiliar a anotação de Elementos Transponíveis (TEs) em sequências genômicas. O SATE Comp utiliza o processo de homologia e também Modelos Ocultos de Markov (HMMs), produzindo resultados comparativos entre as duas formas de identificação. Um projeto de IC finalizado em 2012 e outro em 2014 possibilitaram a proposição de cinco formas alternativas de obtenção de sequências representativas de TEs usadas na produção dos alinhamentos necessários para o treinamento de HMMs. No projeto de IC agora sendo proposto, a aluna trabalhará sobre novas propostas para buscar melhorar os resultados obtidos especificamente a partir do uso de HMMs. Para esses desenvolvimentos, ela aprofundará seus conhecimentos sobre os temas TEs e HMMs visando tratar alternativas para a obtenção de sequências representativas de TEs usadas para o treinamento de HMMs voltados para a identificação e classificação desses elementos.