Um modelo metabólico em escala genômica preditivo para Pseudomonas sp. LFM046

• Processo: 18/05456-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2018
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2018
• Área de conhecimento: Engenharias - Engenharia Química
• Pesquisador responsável: Marilda Keico Taciro
• Beneficiário: Rafael Augusto Theodoro Pereira de Souza Nahat
• Supervisor: Marie-France Sagot
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA Antenne Lyon la Doua), França
• Vinculado à bolsa: 16/01756-0 - Modelagem metabólica da produção de poli-hidroxialcanoatos com diferentes composições monoméricas por Pseudomonas sp., BP.DD
• Assunto(s): Engenharia metabólica Bioprocessos Pseudomonas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioprocess | Genome-scale | Metabolic modelling | Pseudomonas | Engenharia metabólica para bioprocessos

Resumo

Uma parte essencial do estudo e desenvolvimento de um bioprocesso centrado num organismo vivo é um modelo matemático do seu metabolismo. Construir tal modelo é conciliar as atividades enzimáticas inferidas a partir das sequências de genes conhecidas com os fenótipos observados experimentalmente. Atualmente, esta é uma tarefa complexa e não-automatizada. A linhagem selvagem Pseudomonas sp. LFM046 é uma produtora eficiente de polihidroxialcanoatos - um bioplástico de interesse industrial - e também uma promissora plataforma para bioprocessos, sobre a qual já está disponível uma extensa base de conhecimento: seu genoma inteiro sequenciado, muitos experimentos em biorreator em condições distintas e um modelo metabólico parcial. Combinando as expertises complementares de dois grupos de pesquisa (brasileiro e francês) que têm colaborado para essa base de conhecimento, este projeto tem dois objetivos: (i) consolidar um modelo metabólico preditivo em escala genômica para a Pseudomonas sp. LFM046; e (ii) estabelecer um método de construção de modelos como esse que seja transferível para outros organismos, simplificando a tarefa que atualmente é um dos mais limitantes gargalos de P&D em biologia de sistemas. (AU)