Identificação de módulos de co-expressão gênica associados a células-tronco hematopoiéticas de potencial de enxertia de longa duração (LT-HSC) por análises de dados públicos de transcriptoma.

• Processo: 23/17637-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2024
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Karina Griesi Oliveira
• Beneficiário: Gustavo Bueno Moreira
• Instituição Sede: Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein (IIEPAE). Sociedade Beneficente Israelita Brasileira Albert Einstein (SBIBAE). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 22/03118-1 - Identificação e avaliação de assinatura de expressão gênica de células-tronco hematopoiéticas por abordagens de biologia de sistemas e aprendizado de máquina, AP.PNGP.PI
• Assunto(s): Células-tronco hematopoéticas Transcriptômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Celulas-Tronco Hematopoieticas | Transcriptômica | Wgcna | Estudo de Expressão Gênica

Resumo

As células-tronco hematopoiéticas com potencial de enxertia de longo prazo (long-term hematopoietic stem cells - LT-HSC) são as únicas células capazes de reconstituir a medula óssea, gerando todas as linhagens celulares que compõem o sangue, tendo, portanto, grande relevância em um contexto de transplante medular. As LT-HSC são células raras e, dado que o sucesso de um transplante depende da quantidade de LT-HSC transplantadas, sua expansão in vitro sempre foi um objetivo da medicina. No entanto, ainda não se conseguiu reproduzir condições que permitam a expansão a níveis desejáveis destas células sem a perda de sua potencialidade. Nas otimizações dos protocolos de expansão é preciso, ao final, avaliar tanto o número de LT-HSC quanto sua funcionalidade, outro importante desafio. Embora alguns marcadores de superfície de LT-HSC cultivadas tenham sido reportados recentemente, estes podem perder sua validade a depender da condição de cultivo por serem moléculas susceptíveis a variações do ambiente, tornando necessária a avaliação da manutenção da funcionalidade destas células por ensaios de xenotransplante a cada alteração no protocolo de cultivo. Assim, a hipótese desse trabalho é através de análises de biologia de sistemas, será possível identificar módulos de co-expressão associados a LT-HSC. Dessa forma, nosso objetivo é utilizar esta abordagem, em dados públicos de populações frescas de LT-HSC e populações heterogêneas de células hematopoiéticas cultivadas, para verificar se a expressão de genes centrais de módulos de co-expressão associados a LT-HSC refletiria a abundância relativa destas células em diferentes condições. Para isso, analisaremos dados de transcriptoma de LT-HSC disponíveis publicamente para selecionar um conjunto de genes centrais de módulos que se mostrarem associados a LT-HSC. Nossos resultados, além de contribuírem com o entendimento da biologia celular das LT-HSC, podem possibilitar o delineamento de uma estratégia de quantificação de enriquecimento dessas células que teria importante aplicação em contextos clínicos.