Otimização do processamento de dados local e global após coleta de dados de criomicroscopia eletrônica de partículas individuais

• Processo: 24/03426-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
• Pesquisador responsável: Marin Gerard van Heel
• Beneficiário: Gabriela Viegas Haute
• Instituição Sede: Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (Brasil). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 20/06062-1 - Complexos biológicos em ação, in vitro e in silício (Explorando Big-Data em criomicroscopia eletrônica), AP.TEM
• Assunto(s): Biologia estrutural
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Análise de Macromoléculas | Análise de partículas individuais | Biologia Estrutural | Criomicroscopia eletrônica de transmissão - Cryo-EM | Criomicroscopia eletrônica de partículas individuais

Resumo

Este projecto apoiará o desenvolvimento de métodos e software relacionados principalmente com a optimização do processamento de dados "off-line". A transição entre a coleta e pré-processamento de dados "on-line" e o processamento "off-line" é gradual, onde o processamento on-line visa principalmente fornecer feedback rápido para a otimização da coleta de dados de Cryo-EM e o processamento "off-line" as demais tarefas necessárias para elucidar com sucesso as estruturas 3D e sua interpretação. O foco do processamento off-line estará no processamento 4D relacionado às variações globais e locais. Já podemos elucidar variações locais dentro de grandes conjuntos de estruturas 3D relacionadas, como as estruturas 3D do SARS-CoV-2 já disponíveis na base de dados pública EMDB. Neste projeto, os métodos serão aplicados a uma maior variedade de macromoléculas, incluindo conjuntos de dados que estão disponíveis em bases de dados públicas e conjuntos de dados produzidos em nossas próprias instalações. Este "teste beta" dos métodos, que estão a ser desenvolvidos, fornecerá feedback (e novos desafios) ao desenvolvimento da nossa metodologia, visando uma melhor compreensão da heterogeneidade estrutural. Este projeto apoiará especialmente os nossos contínuos esforços para resolver estruturas de vírus patogénicos.