Genômica e filogenômica de grupos de algas vermelhas pouco estudados da subclasse Nemaliophycidade (Rhodophyta): ordens Acrochaetiales, Balliales, Colaconematales, Corynodactylales, Entwisleales, Ottiales e Rhodachlyales

• Processo: 25/04975-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2025
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Botânica - Taxonomia Vegetal
• Pesquisador responsável: Orlando Necchi Junior
• Beneficiário: Elma Lima Leite
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 24/08953-1 - Genômica e filogenômica de grupos de algas vermelhas pouco estudados da subclasse Nemaliophycidade (Rhodophyta): ordens Acrochaetiales, Balliales, Colaconematales, Corynodactylales, Entwisleales, Ottiales e Rhodachlyales, AP.R
• Assunto(s): Algas vermelhas Filogenia Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Algas vermelhas | Filogenômica | Genômica | Mitogenoma | Plastoma | Sistemática e evolução de algas

Resumo

A grande maioria das espécies de algas vermelhas encontra-se na classe Florideophyceae, que contem cinco subclasses (Hildenbrandiophycidae, Nemaliophycidae, Corallinophycidae, Ahnfeltiophycidae e Rhodymeniophycidae). Nemaliophycidae é uma das mais diversas taxonomicamente e representa um grupo ideal para estudar a evolução das algas vermelhas. É a única subclasse que compreende ordens com táxons exclusivamente continentais (Balbianiales, Batrachospermales, Ottiales e Thoreales) ou de ocorrência marinha e de água doce (Acrochaetiales). Estudos recentes demonstraram que as quatro ordens de água doce são relativamente distantes filogeneticamente e apenas um clado que agrupava algumas ordens teve alto suporte e as relações filogenéticas entre todas as outras ordens foram mal resolvidas. Dentre as doze ordens de Nemaliophycidade, cinco (Balbianiales, Batrachospermales, Nemaliales, Palmariales e Thoreales) estão relativamente bem estudadas com base no número de genomas disponíveis em relação ao número de espécies desses grupos. O foco do projeto será nas sete ordens ainda pouco estudadas ou sem genomas publicados: Acrochaetiales, Balliales, Colaconematales, Corynodactylales, Entwisleales, Ottiales e Rhodachlyales. Este projeto é uma abordagem filogenômica ampla com ênfase nessas cinco ordens pouco ou ainda não estudadas da subclasse Nemaliophycidade baseada em genomas organelares (plastidiais e mitocondriais) envolvendo número de espécies representativo para cada ordem. Os resultados gerados permitirão testar as seguintes hipóteses: 1) Considerando que os grupos taxonômicos a serem estudados são bastante diversos e relativamente distantes filogeneticamente dentro das Nemaliophycidae, a análise comparativa das características genômicas deverão apresentar grandes diferenças e amplas variações em relação aos genomas já descritos para as demais ordens (Balbianiales, Batrachospermales, Nemaliales, Palmariales e Thoreales). 2) As análises filogenômicas permitirão inferir filogenias robustas entre as ordens e elucidar as relações atualmente não resolvidas entre os vários clados. A árvore filogenética obtida com base nessas análises será robusta evidenciando clados com alto suporte e mostrará claramente as relações entre eles. Essas análises permitirão a proposição de um sistema de classificação sólido para a subclasse. 3) As análises de genômica comparativa e filogenômica com base em dados de todas as ordens de Nemaliophycidae elucidarão aspectos da transição de ambientes marinhos para continentais das ordens exclusivas de água doce (Balbianiales, Batrachospermales, Ottiales e Thoreales). As análises demonstrarão que o surgimento e posterior radiação dessas quatro linhagens representaram eventos independentes dentro da história evolutiva da subclasse. Para testar estas hipóteses os seguintes objetivos são propostos: a) descrever as características dos genomas plastidiais e mitocondriais (tamanho, posição, número total de genes e de genes codificadores, conteúdo de GC, número de íntrons, entre outras) de espécies representativas das ordens Acrochaetiales, Balliales, Colaconematales, Corynodactylales, Entwisleales e Rhodachlyales; b) realizar análise filogenômica visando inferir as relações filogenéticas entre todas as ordens para elucidar seu posicionamento dentro de Nemaliophycidae; c) aplicar os dados para levantar possíveis explicações no processo de transição de ambientes marinhos para continentais. O projeto proposto compreende aspectos de grande relevância, a saber: i) esta é a investigação genômica mais ampla e representativa para a subclasse Nemaliophycidae; ii) fornecerá informações valiosas para análises filogenômicas e de genômica comparativa em relação a membros das demais subclasses de Florideophyceae; iii) fornecerá um conjunto robusto de dados que permitirá avaliação da transição de ambientes marinhos para continentais dos grupos exclusivamente continentais eda ordem Acrochaetiales, com representantes marinhos e continentais.