| Processo: | 17/26311-3 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado |
| Data de Início da vigência: | 18 de março de 2018 |
| Data de Término da vigência: | 17 de setembro de 2018 |
| Área de conhecimento: | Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada |
| Pesquisador responsável: | Ana Lúcia da Costa Darini |
| Beneficiário: | Renata Galetti |
| Supervisor: | Lars Jelsbak |
| Instituição Sede: | Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil |
| Instituição Anfitriã: | Technical University of Denmark (DTU), Dinamarca |
| Vinculado à bolsa: | 15/11728-0 - Sequenciamento completo de plasmídeos carreando genes de resistência a antibióticos em bactérias de interesse e análise do genoma de linhagens de Pseudomonas aeruginosa produtoras de SPM-1 e de KPC-2 por sequenciamento em larga escala, BP.PD |
| Assunto(s): | Biologia molecular |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | antibiotic resistance | bioinformatic tools | plasmid | Whole genome sequence | Biologia molecular |
Resumo Bactérias da família Enterobacteriaceae estão cada vez mais envolvidas com infecções envolvendo humanos e animais. De acordo com o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, o Brasil é o principal exportador de frangos no mundo, fazendo desta, uma das principais atividades econômicas no país. O estudo de bactérias patogênicas e resistentes aos antibióticos isoladas de frango tem um impacto importante na saúde pública com destaque para o risco de disseminação dessas bactérias através da cadeia alimentar. Com base nesses problemas, tornou-se cada vez mais importante estudar e investigar essas bactérias, uma vez que o uso indiscriminado de antibióticos nas últimas décadas selecionou isolados multirresistentes a antibióticos. O objetivo deste estudo é sequenciar e analisar o genoma completo de Enterobacteriaceae (Salmonella sp. e Enterobacter sp.) que carreiam plasmídeos contendo vários genes de resistência diferentes, com importância clínica e veterinária. O sequenciamento dos genomas será realizado usando as plataformas Illumina e/ou Pacbio. A montagem dos genomas será realizada usando os softwares CLC Genomics Workbench 8.0 e SMRT Analysis. A predição/anotação de genes será realizada utilizando as ferramentas Prokka e RAsT. A anotação terá curadoria manual com auxílio das ferramentas BLASTN e BLASTP. A investigação de particularidades em cada isolado será realizada utilizando ferramentas adicionais fornecidas pelo Centro de Genômica e Epidemiologia da Universidade Técnica de Copenhagen. | |
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