Predições genômicas para resistência a Aeromonas hydrophila em pacu Piaractus mesopotamicus

Resumo

Pacu Piaractus mesopotamicus é um dos mais importantes peixes nativos cultivados na América do Sul. Aeromonas hydrophila é uma bactéria gram-negativa de vida livre responsável por grandes perdas econômicas em sua produção. Estudos sobre a base genética da resistência do pacu cultivado à infecção por A. hydrophila revelaram uma arquitetura poligênica de resistência. No caso de características poligênicas, a seleção genômica pode melhorar significativamente a precisão da seleção dos valores genéticos em comparação com a seleção tradicional e, portanto, aumentar a resposta da seleção para resistência à infecção por A. hydrophila em pacu. O objetivo deste estudo é avaliar a capacidade de predição genômica usando uma estratégia de baixo custo que combina um painel de SNPs de baixa densidade e imputação genômica. DNA genômico de cinqüenta famílias de pacu de um núcleo de reprodução do Centro de Aquicultura da Unesp (CAUNESP/UNESP - Brasil) foi utilizado para este fim. Um painel de SNP de média densidade (Axiom SerraSNP) com aproximadamente ~20K SNPs, e um painel de SNP de baixa densidade (AgriSeq tGBS) com 1091 SNPs foram previamente construídos como um recurso para seleção genômica de pacu. O painel de SNP de baixa densidade será otimizado pela técnica de imputação de genótipos. A imputação de genótipos será avaliada combinando genótipos parentais obtidos através do painel de média densidade com genótipos de progênie do painel de SNPs de baixa densidade (1K SNPs). A alta precisão de imputação e predição genômica sugere que a imputação de genótipos de painéis de SNP de baixa densidade a média densidade de pacu pode ser uma estratégia economicamente viável para o desenvolvimento da seleção genômica para pacu, com grande utilidade para aplicação na seleção de genótipos resistentes a A. hydrophila, aumentando assim sua produção. (AU)