Integração de metataxonômica e dados de transcriptômica do hospedeiro em milho

Resumo

CoNekT Grasses é uma plataforma para análise comparativa de transcriptômica e que permite aos pesquisadores terem insights sobre a expressão gênica com base em perfis e redes de coexpressão. Abordagens, incluindo genômica, transcriptômica, e meta-taxonômica têm ganhado importância para a compreensão da interação hospedeiro-microbioma. Desta forma, a integração deste tipo de dados no CoNekT Grasses aumentaria nosso conhecimento sobre o sistema hospedeiro-microbioma. A disponibilidade de datasets pareados de expressão gênica e microbioma das mesmas amostras permite o cálculo de métricas de associação, que por sua vez podem levar a insights únicos e informativos. O grupo do Prof. Wallace e/ou seus colaboradores recentemente geraram dados de transcriptoma e meta-taxonômica da folha para aproximadamente 300 genótipos de milho que representam a diversidade genotípica e fenotípica das variedades modernas da cultura (Goodman Maize Association Panel), e que estão disponíveis para este projeto. Previamente já foram exploradas associações entre o genótipo das amostras e a composição do microbioma. Nesta proposta, temos dois principais objetivos, 1) explorar as associações entre a expressão dos genes e a composição do microbioma 2) estender o CoNekT Grasses para incorporar dados de meta-taxonômica. O estágio no exterior compreende uma oportunidade valiosa de estudar os métodos para explorar as relações entre dados de expressão gênica e microbioma utilizando milho como modelo. Análises na plataforma após incorporação destas funcionalidades beneficiarão estudos futuros de culturas importantes no Brasil. (AU)