Os Programas de Pesquisa de apoio à Inovação têm caráter indutor: apoiam pesquisas com potencial de desenvolvimento de novas tecnologias e de aplicação prática nas diversas áreas do conhecimento, afinadas com a política de Ciência, Tecnologia e Inovação.
- Pesquisa em Parceria para Inovação Tecnológica (PITE)
- Pesquisa Inovativa em Pequenas Empresas (PIPE)
- Consórcios Setoriais para Inovação Tecnológica (CONSITEC)
- Centros de Pesquisa em Engenharia/Centros de Pesquisa Aplicada (CPE/CPA)
- Apoio à Propriedade Intelectual (PAPI/NUPLITEC) (Programa vigente de 2000 a 2021)