Análises ômicas de bactérias da família Mycobacteriaceae para caracterização de clusters gênicos envolvidos na degradação de substratos de interesse industrial

• Processo: 19/14137-4
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2020
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2023
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Cristina Viana Niero
• Beneficiário: Cristina Viana Niero
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Luciano Antonio Digiampietri ; Sylvia Luisa Pincherle Cardoso Leão
• Assunto(s): Biotecnologia Bactérias Mycobacteriaceae Biodegradação Pectinas Análise de sequência de DNA Genomas Transcriptoma
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: degradação | Genoma | pectina | Pireno | Transcriptoma | Mycobacteriologia

Resumo

As bactérias Não Tuberculosas, também denominadas ambientais, são microrganismos que se adaptam a diferentes condições de temperatura, pH e oxigênio. Nossa hipótese é que diante destas características, este grupo de bactérias pode conter enzimas robustas com utilidade industrial. Esses dados têm motivado os estudos do nosso grupo de pesquisa a fim de caracterizar NT e avaliar seu potencial de biodegradação de compostos com utilidade biotecnológica assim como estudar suas vias catabólicas. Em estudos anteriores, construímos um banco com 382 isolados de NT que foram caracterizados pela análise de três genes essenciais (16SrRNA, rpoBV e hsp65). Os resultados revelaram que 30% destes isolados se posicionam dentro dos gêneros da família Mycobacteriaceae mas não são relacionados a nenhuma das espécies descritas sugerindo que podem ser novas espécies. Grupos de isolados desta coleção apresentaram capacidade qualitativa de degradar os substratos pectina, amido e pireno. Cabe destacar que até o momento não existe nenhum relato de degradação de pectina e amido para as bactérias da família Mycobacteriaceae. Diante destes dados, este trabalho estudará 10 isolados de bactérias NT a fim de caracteriza-los por sequenciamento completo de genoma e análise quantitativa de degradação dos substratos. Além disso, propomos avaliar a expressão gênica dos isolados, em diferentes condições fisiológicas "in vitro", por meio de análise dos respectivos transcriptomas. A análise dos genomas permitirá posicionar filogeneticamente os isolados pertencentes ao gênero Mycolicibacter ou descrevê-los como novas espécies. Já a análise conjunta dos resultados de genoma e dos transcriptomas possibilitará avaliar genes e vias metabólicas que justifiquem os resultados fenotípicos de degradação de pectina, amido e pireno. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SILVA, NATALIA MARIA; ROMAGNOLI, CAMILA LOPES; SANTIAGO, CAIO RAFAEL DO NASCIMENTO; DE LACERDA, JOAO PAULO AMORIM; LEAO, SYLVIA CARDOSO; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO; VIANA-NIERO, CRISTINA. Multi-Approach Characterization of Novel Pyrene-Degrading Mycolicibacterium austroafricanum Isolates Lacking nid Genes. MICROORGANISMS, v. 11, n. 6, p. 13-pg., 2023-06-01. (19/14137-4)