Metafundadores podem reduzir o viés em predições genômicas de bovinos compostos

• Processo: 21/08285-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2021
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2022
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Fernando Sebastián Baldi Rey
• Beneficiário: Fernando Sebastián Baldi Rey
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Assunto(s): Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Genomic selection | Inflation | Montana cattle | single-step genomic BLUP | Genômica

Resumo

Metafundadores são pseudoindivíduos que agem como representantes de animais em populações de base. Quando metafundadores são usados, indivíduos de raças diferentes podem ser relacionados por meio do pedigree, melhorando a compatibilidade entre as matrizes de parentesco genômica e de baseada no pedigree. O objetivo deste estudo foi investigar o uso de metafundadores e grupos de pais desconhecidos para a avaliação genômica de uma população composta de bovinos de corte. Os fenótipos estavam disponíveis para circunferência escrotal aos 14 meses de idade (SC14), ganho pós-desmame (GPD), peso ao desmame (PD) e peso ao nascer (PN). O pedigree incluiu 680.551 animais, dos quais 1.899 foram genotipados ou imputados a cerca de 30.000 SNPs. As avaliações foram realizadas com base no pedigree (BLUP), pedigree com grupos parentais desconhecidos (BLUP_UPG), pedigree com metafundadores (BLUP_MF), BLUP genômico de etapa única (ssGBLUP), ssGBLUP com grupos parentais desconhecidos para matrizes de relacionamento genômico e de pedigree (ssGBLUP_UPG) ou apenas para a matriz de parentesco baseada no pedigree (ssGBLUP_UPGA) e ssGBLUP com metafundadores (ssGBLUP_MF). Cada avaliação considerou quatro ou 10 grupos, que foram atribuídos com base na raça dos fundadores e cruzamentos intermediários. Para avaliar o desempenho do modelo, usamos um método de validação baseado em estatísticas de regressão linear para obter precisão, estabilidade, dispersão e viés de (G)EBV. No geral, os relacionamentos dentro e entre os metafundadores foram mais fortes no cenário com 10 metafundadores. A precisão foi maior para modelos com informações genômicas do que para BLUP. Além disso, a estabilidade dos (G)EBVs foi maior quando as informações genômicas foram levadas em consideração. No geral, os métodos baseados no pedigree mostraram menor inflação/deflação (coeficientes de regressão próximos a 1,0) para os traços SC14, PDM e PND. O nível de inflação/deflação para modelos genômicos foi pequeno e dependente da característica. Em comparação com o ssGBLUP default, o ssGBLUP_MF4 exibiu o coeficiente de regressão mais próximo de um para SC14, GPD, PDM e PND. Os modelos genômicos com metafundadores parecem ser ligeiramente mais estáveis do que os modelos com UPG com base na maior similaridade de resultados com diferentes números de grupos. Além disso, os metafundadores podem ajudar a reduzir o viés nas avaliações genômicas de populações compostas de bovinos de corte sem reduzir a estabilidade dos GEBVs. (AU)