Construção e validação de um conjunto de microhaplótipos compostos por InDels autossômicos para análise de amostras degradadas e deconvolução de misturas para fins de identificação humana

• Processo: 22/13924-5
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2023
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2026
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Erick da Cruz Castelli
• Beneficiário: Erick da Cruz Castelli
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FMB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Celso Teixeira Mendes Junior ; Marianna Maia Taulois do Rosário ; Michel Satya Naslavsky
• Assunto(s): Genética forense Antropologia forense Marcador molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: amostras degradadas | genética forense | identificação humana | INDELs | marcadores moleculares | mistura | Genética forense

Resumo

A identificação de um suspeito a partir de uma amostra degradada e/ou composta por vários perfis genéticos desbalanceados é um dos grandes desafios da genética forense. O uso dos marcadores STRs (short tandem repeats), avaliados por reação em cadeia da polimerase (PCR) e eletroforese capilar (EC), representam o padrão-ouro para análise forense de DNA. Entretanto, há limitações importantes desta metodologia frente a esses desafios forenses. Novos marcadores, classificados como microhaplótipos, vem apresentando resultados promissores para a identificação humana, inferência da ancestralidade, deconvolução de misturas de perfis de DNA e obtenção de perfis genéticos a partir de amostras degradadas. Tais microhaplótipos são constituídos por dois ou mais polimorfismos, tais como STRs, SNPs (single nucleotide polymorphisms) e InDels (insertion-delection), também chamados de DIPs (deletion-insertion polymorphisms), que ocorrem em um segmento curto de DNA (<200pb). Quando comparado aos STRs, os InDels normalmente possuem produtos de amplificação menores, taxas de mutação consideravelmente menores e não produzem artefatos de amplificação denominados stutters (os quais prejudicam a detecção e interpretação de misturas). Quando comparado aos SNPs, os InDels são polimorfismos de comprimento, o que torna possível a análise por EC, tecnologia amplamente presente nos laboratórios forenses. Porém, o grau de polimorfismo, considerado como sua principal limitação, pode ser ampliado quando há múltiplos InDels próximos formando haplótipos, denominados multi-InDels. Desse modo, propomos a construção e validação de um novo conjunto de marcadores multi-InDels autossômicos, constituídos por dois ou mais loci InDels em curtos segmentos de DNA, e que apresentem elevado poder de discriminação e de exclusão. Exploraremos computacionalmente dados de sequenciamento de genomas completos disponíveis publicamente (Projeto 1000 genomas e HGDP) e de brasileiros (projeto SABE) para detectar regiões candidatas úteis para aplicação no Brasil e em outras populações. Tais microhaplótipos serão organizados em um ensaio multiplex para análise por eletroforese capilar, o que facilitará o processo de transferência desta tecnologia para os laboratórios forenses. Em seguida, testaremos esse novo conjunto de marcadores em casos reais, viabilizando a resolução de casos cíveis e criminais envolvendo amostras críticas. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

RAMOS, LIVIA CARLA; KOBACHUK, LUCIELLEN D. G.; NADUR, DOUGLAS MENDES; SABBAG, LUIZA RAUEN; DO ROSARIO, MARIANNA MAIA TAULOIS; NASLAVSKY, MICHEL S.; MENDES-JUNIOR, CELSO TEIXEIRA; CASTELLI, ERICK C.. Assessing the performance of multi-InDel panels for human identification among admixed Brazilians. FORENSIC SCIENCE INTERNATIONAL-GENETICS, v. 74, p. 8-pg., 2024-10-16. (22/03102-8, 22/13924-5)