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Laboratório associado de bioinformática no Programa Humano do Câncer

Processo: 99/03681-0
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
Vigência: 01 de agosto de 2000 - 31 de julho de 2003
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Convênio/Acordo: Instituto Ludwig
Pesquisador responsável:Milton Faria Junior
Beneficiário:Milton Faria Junior
Instituição-sede: Centro de Ciências Exatas, Naturais e Tecnológicas. Universidade de Ribeirão Preto (UNAERP). Ribeirão Preto, SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):01/03020-5 - Bioinformática: desenvolvimento da rede de biologia computacional para apoio ao Projeto de Genoma Humano do Câncer, ORESTES (Open Reading Frames Expressed Sequencie Targs), BP.TT
Assunto(s):Inteligência artificial  Biologia computacional  Neoplasias  Genoma Humano do Câncer 

Resumo

O objetivo do grupo de bioinformática da UNAERP é gerar pesquisa e formação de recursos humanos na área interdisciplinar de biologia e computação. O panorama da biotecnologia vem apresentando uma demanda crescente no desenvolver algoritmos computacionais para analisar, armazenar, comparar e realizar data miner em bancos de dados de sequenciamento genômico. Em suma, desenvolver pesquisa e tecnologia em informática necessária à biotecnologia. O grupo de bioinformática foi constituído ma UNAERP no início de 1999 através do Projeto do Genoma Humano do Câncer, ORESTES (Open Reading Frames Expressed Sequencie Tags) – FAPESP, processo 99/03681-0, e também com a finalidade de auxiliar o grupo de biotecnologia da UNAERP e de outras instituições nos projetos do genoma da cana-de-açúcar, Xylella fastidiosa, e em outras atividades de bioinformática que este venha necessitar, desenvolvendo assim vários projetos integrados de maneira direta ou indiretamente ao Genoma ONSA (Organization for Nucleotide Sequencing and Analisis – The Virtual Genomics Institute). Atualmente o grupo de bioinformática conta com 3 docentes e 7 alunos. Este grupo também foi responsável pela geração de recursos humanos, em bioinformática, em outros laboratórios como, por exemplo, no Hemocentro de Ribeirão Preto – USP, no Departamento de Farmácia da USP de Ribeirão Preto, e no Instituto Ludwig. Atualmente o laboratório de bioinformática UNAERP além de ter como foco principal o projeto de laboratório de bioinformática no programa humano do câncer tem dado apoio a outros projetos como, por exemplo, o projeto “Transcript Finishing Initiative” realizado pelo Instituto Ludwig & FAPESP e projeto “Genoma ONSA (Organization for Nucleotide Sequencing and Analisis – The Virtual Genomics Institute)” além de outros. As páginas e parte dos bancos de dados do projeto da rede de bioinformática e pipeline, banco de dados e a página do projeto “Transcript Finishing Initiative” se encontra no laboratório de bioinformática da UNAERP. A submissão das sequências é feita para o laboratório de bioinformática da UNAERP, onde é checado os parâmetros de submissão e os dados são armazenados em um banco local e transferida para o Hemocentro USP/RP e para o Instituto Ludwig depois. Isto reflete a real importância da rede de bioinformática e a divisão dos processos para se obter uma rápida análise e desenvolvimento do projeto tem sido refletida no espaço físico alocado pela instituição na infraestrutura com mobília, no uso dos laboratórios da instituição e no uso da rede de internet da instituição a qual possui uma excelente performance, possibilitando uma boa taxa de transferência de dados via internet, facilitando a integração dos diferentes grupos e laboratórios envolvidos no projeto. (AU)

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