Laboratório associado de bioinformática no Programa Humano do Câncer

• Processo: 99/03672-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2000
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2002
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Biologia Geral
• Acordo de Cooperação: Instituto Ludwig
• Pesquisador responsável: João Meidanis
• Beneficiário: João Meidanis
• Instituição Sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Algoritmos Otimização combinatória Laboratórios RNA mensageiro
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Algoritmos Paralelos | Bioinformatica | Biologia Computacional | Otimizacao Combinatoria

Resumo

Com o término do sequenciamento da quase totalidade do genoma humano [Nature2001], temos pela frente a árdua tarefa de interpretá-lo. A quantidade de informação (a partir dos 3 bilhões de bases) e a infinidade de possibilidades de interação entre as proteínas sintetizadas a partir dos genes, implicam em estudos científicos de longa duração, com utilização crescente de recursos de bioinformática. Embora a fração do genoma humano comprovadamente funcional seja muito pequena (menor que 10%), e embora estudos tenham sido realizados para entender a função dos espaços intergênicos ("junk DNA"), certamente a grande maioria dos esforços atuais de pesquisa está sendo direcionada para a compreensão daquela pequena parte funcional de nosso material genético. Esta parte funcional, representada por milhares de genes, embora some uma fração pequena do genoma, é, em si, extremamente complexa, e dificilmente sujeita às regras únicas e padronizadas entre os indivíduos da espécie humana. Apesar deste quadro desalentador, dos organismos superiores com genomas decodificados, o ser humano encontra-se em posição privilegiada, pois, além da sequência do DNA cromossômico, milhões de sequências foram obtidas a partir de cópias de RNAs mensageiros (os genes expressos). O casamento destas sequências genuinamente gênicas com o genoma em si, exerce um papel preponderante na compreensão de vários fenômenos. Esta compreensão se deve à sistematização da obtenção destes RNAs, cuja origem é normalmente bem caracterizada (de qual tecido, de qual fase do ciclo de vida, se originou-se de um indivíduo sadio ou enfermo, etc). A bioinformática é crucial neste casamento, principalmente na composição d e um banco de dados, onde o pesquisador possa rapidamente navegar no genoma e recuperar/visualizar automaticamente todos os genes identificados experimentalmente a partir do genoma (ou vice-versa, do gene para o genoma). Uma das tarefas sendo realizadas dentro deste projeto tem o objetivo específico de identificar genes relacionados a células cancerosas de mama, próstata, cabeça e pescoço, especificamente no cromossomo 17. (AU)