Laboratório de sequenciamento no Programa Humano do Câncer

• Processo: 99/03679-5
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 1999
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2001
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Acordo de Cooperação: Instituto Ludwig
• Pesquisador responsável: Marina Pasetto Nobrega
• Beneficiário: Marina Pasetto Nobrega
• Instituição Sede: Instituto de Pesquisa e Desenvolvimento (IP&D). Universidade do Vale do Paraíba (UNIVAP). São José dos Campos , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: São José dos Campos
• Bolsa(s) vinculada(s): 99/09192-0 - Laboratório de sequenciamento: Projeto Genoma Humano câncer - HCGP, BP.TT; 99/06958-2 - Genoma Humano de Câncer, BP.TT; 99/06956-0 - Genoma Humano de Câncer, BP.TT; 99/06957-6 - Genoma Humano de Câncer, BP.TT
• Assunto(s): Estrutura celular Mitocôndrias Genoma Humano do Câncer
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cytocromo Oxidase | Human Homolog Gene | Mitochondria | Respiratory Deficient Mutants | Yeast

Resumo

A proposta do grupo de Simpson que forma o núcleo do Projeto Genoma Humano do Câncer (HCGP - "Human Cancer Genoma Project") utiliza tecnologia baseada em iniciação aleatória sobre o rnRNA isolado de tumores humanos. Esta tecnologia permite que a síntese do cDNA pela transcriptase reversa (RTase) se inicie com alta frequência na região central dos genes como demonstrado (Dias-Neto, E. et al, 2000). Utilizando uma vasta coleção de "primers", a RTase e amplificação pela técnica da polimerização em cadeia pela DNA polimerase (PCR) sobre rnRNA de tumores (pulmão, próstata, tireóide, cabeça e pescoço, mama, colo de útero, leucemias e linfomas, cólon, estômago), geram-se “perfis" de cDNA que são encaminhados aos grupos de sequenciamento. Consequentemente bibliotecas geradas com esta tecnologia tem o potencial de: extender e completar ORFs apenas parcialmente conhecidas; identificar novos genes. O HCGP tem como objetivos: gerar 1 milhão de sequencias ESTs obtidas por este novo processo; gerar portanto cerca de 400 megabases de sequencias do genoma humano - obter 100 megabases de novas regiões codificadoras do genoma humano; montar contigs que representem as ORFs potenciais de 40.000 genes humanos Nosso laboratório é um dos grupos de sequenciamento (IL-3) associado ao laboratório central (Instituto Ludwig - IL) e constitui um dos poucos "kilobase sequencing centers" situado no interior do Estado de São Paulo (IP&D, UNlV AP, São José dos Campos) e que está desenvolvendo o projeto de maneira bastante autônoma processando, no laboratório (LGMG) do IP&D, os perfis de PCR no sentido de gerar bibliotecas selecionadas por tamanho (em vetor pUC18, 200 a 800 pb e de 800 a 2.000 pb). Os clones insertos são selecionados, armazenados em microplacas para 96 amostras e prepara-se o DNA plasmidial destes 96 clones por métodos de escala média (96 clones por vez). O DNA é processado para sequenciamento automático utilizando corantes fluorescentes ligados a terminadores dideoxi ("Big Dye terminators") segundo os protocolos da Perkin-Elmer para o sequenciador ABI3 77. Até o fechamento deste projeto processamos 41.960 sequencias válidas depositadas usando um ABI377 para 96 amostras compartilhando o seu uso com o sequenciamento do projeto SUCEST. No "ranking" dos laboratórios ficamos classificados e os dez mais bem colocados quanto à produção de sequencias válidas. (AU)