Laboratório de sequenciamento no Programa cana-de-açúcar

• Processo: 99/03651-3
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 1999
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2003
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Suzelei de Castro França
• Beneficiário: Suzelei de Castro França
• Instituição Sede: Centro de Ciências Exatas, Naturais e Tecnológicas. Universidade de Ribeirão Preto (UNAERP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Biopolímeros Cana-de-açúcar Laboratórios Genoma Cana-de-Açúcar - SucEST
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Secondary Metabolites | Sugarcane Biopolymers

Resumo

O grupo RU-UNAERP participou do trabalho sequenciamento randômico de cDNAs de de cana-de-açúcar iniciado em junho/1999 prosseguindo no isolamento, purificação, ampliação e identificação de sequencias expressas até outubro/2000 quando então foi congelado o banco. A contribuição deste grupo resultou na identificação de 12766 sequencias das quais 8447 foram lidas no sentido 5' e 4319 no sentido 3'. O índice de aproveitamento de nossos resultados foi de 72,43% ligeiramente acima da média 72,05% e o 10º entre os 23 grupos atuantes. Estes números refletem não só o rendimento do grupo mas também a nossa capacitação para cumprir com as metas estipuladas pela coordenação do Projeto SUCEST, realizando o trabalho num ritmo contínuo, dentro das exigências de rigor metodológico e de precisão requeridas. Após a paralisação das atividades de sequenciamento propriamente dito, iniciamos com base em nossos levantamentos no âmbito do projeto SUCEST-data mining, a seleção de clusters e respectivos reads que seriam alvo de nossas atividades futuras para gerar uma coleção de genes relacionados ao metabolismo secundário, investigando o padrão de expressão de enzimas chaves na regulação das principais rotas metabólicas e evidenciando as classes de produtos naturais que desempenham um papel relevante na resposta adaptativa de cana-de-açúcar às variações no meio ambiente e ao estresse causado por agentes biológicos e físico-químicos. Um vez selecionados os clusters, listados nas tabelas 1 e 2, solicitamos à coordenação os clones que continham os cDNAs de interesse os quais foram, conforme disponibilizados, re-extraídos, purificados e sequenciados nas duas fitas por completo. As sequencias completas já obtidas fazem parte da coleção inicial de genes que serão utilizados como sonda na comparação de genes expressos constitutivamente e aqueles expressos em determinadas situações de estresse. (AU)