Human transcript validation initiative

• Processo: 00/12511-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2000
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2003
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Luiz Eduardo Coelho Andrade
• Beneficiário: Luiz Eduardo Coelho Andrade
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): DNA complementar Análise de sequência de DNA Transcrição genética Genes
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cdna | Genes Estrutura | Genoma Humano | Sequenciamento De Dna | Transcriptoma

Resumo

O objetivo do projeto é a validar a estrutura e definir as sequencias de pelo menos 2.000 genes humanos completos em um período de dois anos. Distintamente dos projetos tradicionais de sequenciamento de cDNAs completos, como o MGC, a estrutura gênica será predita e validada sem a construção de bibliotecas de cDNA altamente elaboradas ou determinação de transcritos completos. As sequências gênicas serão extraídas das sequencias genômicas disponíveis pelo Human Genome Project. As sequências serão utilizadas como fundamento para mapeamento de ESTs (convencionais e ORESTES) e para predição de genes mediante análise computacional. Primers para validação de genes serão gerados em função de mapeamento de ESTs, predição computacional de exons e padrões de organização, como tamanho gênico médio, tamanho e distribuição de introns e exons. A validação será efetivada principalmente por RT -PCR e subclonagem e sequenciamento de insertos. Um banco de dados para catalogar os genes será criado, sendo também capaz de fornecer informações adicionais, como localização cromossômica, padrões de expressão, formas alternativas de transcritos etc. Os genes a serem sequenciados serão selecionados em colaboração com outros projetos de sequenciamento de cDNA mundiais a fim se evitar duplicação. (AU)