Human transcript validation iniciative

• Processo: 00/12489-4
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2000
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2003
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Eloiza Helena Tajara da Silva
• Beneficiário: Eloiza Helena Tajara da Silva
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: São José do Rio Preto
• Assunto(s): Genomas Análise de sequência de DNA Etiquetas de sequências expressas Genes

Resumo

O presente projeto foi desenvolvido por uma rede de 31 diferentes grupos de pesquisa do Estado de São Paulo (laboratórios de validação), coordenados por dois laboratórios localizados no Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer e no Instituto de Química da USP. Seu objetivo geral foi validar a estrutura e gerar sequências de genes humanos completos. A predição de genes teve como base as sequências genômicas geradas pelo Projeto Genoma e disponíveis em bancos de dados públicos. Essas sequências são usadas como scaffold para mapeamento das ESTs (convencionais e ORESTES) assim como para a predição de genes por análise computacional. Os iniciadores para a validação de genes putativos são desenhados com base no mapeamento de ESTs, na predição computacional de exons e em padrões de organização genômica, tais como tamanho gênico médio e distribuição e tamanho de introns/exons. A validação é feita principalmente pela técnica de RT-PCR e por subclonagem e sequenciamento de fragmentos. (AU)