"Sequenciamento direcionado por síntenia genica", uma nova estratégia para espécies poliplóides: sequenciamento e estrutura física de uma região complexa da cana-de-açúcar

• Processo: 18/04913-4
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2018
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2018
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Anete Pereira de Souza
• Beneficiário: Anete Pereira de Souza
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Genômica Análise de sequência de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: acumulação de açúcar | biblioteca de BACs | Genomas complexos | mapa fíciso | Saccharum hybridum | Sequenciamento genomico | Genômica

Resumo

A cana-de-açúcar exibe um genoma complexo principalmente devido à sua natureza aneuploide e alto nível de ploidia, e o sequenciamento de seu genoma representa um grande desafio. As espécies estreitamente relacionadas com genomas bem montados e anotados podem ser usadas para ajudar a montar genomas complexos. Aqui, um loco estável de característica quantitativa (QTL) relacionado à acumulação de açúcar no sorgo foi transferido com sucesso para o genoma da cana-de-açúcar. As seqüências de genes relacionadas a este QTL foram identificadas em silico a partir de dados de transcriptomas de cana-de-açúcar, e os marcadores moleculares baseados nessas seqüências foram desenvolvidos para selecionar clones de cromossomos artificiais bacterianos (BAC) da variedade de cana-de-açúcar SP80-3280. Sessenta e oito clones de BAC contendo pelo menos duas sequências de genes associadas ao QTL de sorgo foram sequenciados utilizando a tecnologia Pacific Biosciences (PacBio). Vinte sequências BAC foram encontradas relacionadas à região sintênica, das quais nove foram suficientes para representar a região sintênica. A estratégia que propomos é chamada de "seqüenciamento direcionado por sintenia gênica", a qual é uma abordagem mais simples para entender a estrutura de regiões genômicas complexas associadas a características de interesse. (AU)