Novas abordagens para o problema do alinhamento múltiplo de seqüências

• Processo: 07/08020-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2008
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2011
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
• Pesquisador responsável: Zanoni Dias
• Beneficiário: André Atanasio Maranhão Almeida
• Instituição Sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Alinhamento de sequências | Alinhamento múltiplo de seqüências | Comparação de genomas | Projeto de Algoritmos | Biologia Computacional

Resumo

Alinhamento de seqüências é reconhecidamente uma das tarefa de maior importância em biologia computacional, principalmente por ser uma operação básica utilizada por diversos outros procedimentos na área. Da mesma forma, alinhamento múltiplo de seqüências também possui grande relevância, sendo empregado em tarefas como detecção de padrões para caracterizar famílias proteicas e predição de estruturas secundárias e terciárias de proteínas. É importante salientar que existem algoritmos eficientes para o problema do alinhamento de duasseqüências, porém o problema do alinhamento múltiplo é NP-Difícil. Há várias heurísticas para o problema do alinhamento múltiplo de seqüências, mas nenhuma delas apresenta resultados biologicamente perfeitos. O objetivo deste projeto é desenvolver métodos eficientes em tempo e espaço para o problema do alinhamento múltiplo de seqüências, que apresentem resultados de altarelevância biológica. Estudaremos as principais abordagens e métodos existentes e ao final integraremos os resultados em um meta-método, que buscará extrair o melhor de cada uma das abordagens.

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

ALMEIDA, André Atanasio Maranhão. Novas abordagens para o problema do alinhamento múltiplo de sequências. 2013. Tese de Doutorado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Computação Campinas, SP.