ARTIZIMA- Ferramenta computacional para evolução in silico de enzimas utilizadas em biorefinarias

• Processo: 09/07751-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2009
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2009
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Química - Físico-química
• Pesquisador responsável: Renato Luis Tame Parreira
• Beneficiário: Carlos Alessandro Fuzo
• Vinculado ao auxílio: 07/59308-3 - Artizima - ferramenta computacional para evolução in silico de enzimas utilizadas em biorefinarias, AP.PIPE
• Assunto(s): Simulação de dinâmica molecular Biologia computacional Enzimas Algoritmos evolutivos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Algoritmos Evolutivos | Cluster de computadores | Dinâmica Molecular | Enzimas industriais | simulação molecular | Termoestabilidade de biomoléculas | Bioinformática

Resumo

Os algoritmos evolutivos (AEs) correspondem a um conjunto de técnicas e procedimentos genéricos e adaptáveis, inspirados na teoria evolutiva de Darwin, que podem ser aplicados na solução de problemas complexos, para os quais outras técnicas conhecidas são ineficazes. O algoritmo desenvolvido neste projeto utilizará conceitos tanto de algoritmo genético (AG) quanto de estratégias evolutivas (EE). O Objetivo é implementar um AE e testar as EE no trabalho de avaliação das enzimas mutantes em altas temperaturas. Nesse contexto, um cluster de computadores será utilizado para realizar os cálculos em paralelo, aumentando sua velocidade. As informações que fluirão entre esses computadores deverão ser eficientemente preparadas, seguindo alguns protocolos de comunicação entre microcomputadores. A EE incluem um entendimento refinado de simulações de Dinâmica Molecular, que o candidato tem experiancia, tornando-se essencial para esse projeto.