Resumo
A compreensão das relações entre estrutura, energética e dinâmica funcional em proteínas é um dos maiores desafios em biofísica molecular.A abordagem de 'energy landscape' tem contribuído significativamente para o entendimento de sistemas moleculares complexos, tais como o problema do enovelamento de proteína, em que modelos minimalistas/simplificados têm desempenhado um papel fundamental.Utilizando modelos computacionais simplificados (coarse-grained models) e abordagens de física estatística, os problemas abordados neste projeto podem ser divididos em três grupos: (1) Enovelamento de proteínas, com foco em questões fundamentais da área. Os tópicos tratados serão: a compreensão do coeficiente de difusão na representação do enovelamento, estudo dos efeitos de frustração e interações não-nativas no processo de enovelamento, e a visualização do funil de enovelamento. Estas metologias serão aplicadas no estudos de transições conformacionais associados a funções protéicas. (2) Abordagens estatísticas em bioinformática e em processamento de informação, que complementam as abordagens mecanísticas computacionais.(3) Todo o ferramental desenvolvido será integrado e aplicado em problemas de biotecnologia e biomedicina. A aplicação tecnológica será no estudo de enzimas envolvidas na geração de bioetanol em uma colaboração teórico-experimental. Utilizaremos modelos 'coarse-grained' no estudo da termoestabilidade de enzimas, focando na otimização 'in silico' da estabilidade de enzimas e propondo mutações sítio dirigidas que serão testadas experimentalmente.A aplicação imediata, já em desenvolvimento, visa a avaliação e otimização de coquetéis enzimáticos utilizados na produção de bioetanol de segunda geração. Em biomedicina, o conjunto destas técnicas tem aplicações em vários sistemas biológicos. Investigaremos questões associadas às proteínas do vírus Zika, ao receptor de estrogênio e prospecção de vacinas. (AU)
Publicações científicas
(15)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CONTESSOTO, VINICIUS DE GODOI;
RAMOS, FELIPE CARDOSO;
DE MELO, RICARDO RODRIGUES;
DE OLIVEIRA, VINICIUS MARTINS;
SCARPASSA, JOSIANE ANIELE;
DE SOUSA, AMANDA SILVA;
ZANPHORLIN, LETICIA MARIA;
SLADE, GABRIEL GOUVEA;
PEREIRA LEITE, VITOR BARBANTI;
RULLER, ROBERTO.
Electrostatic interaction optimization improves catalytic rates and thermotolerance on xylanases.
BIOPHYSICAL JOURNAL,
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JUN 1 2021.
Citações Web of Science: 0.
RODRIGUES, CAIO H. P.;
HERNANDEZ-GONZALEZ, JORGE E.;
PEDRINA, NATALIA J.;
LEITE, VITOR B. P.;
BRUNI, ALINE T.
In silico Evaluation of Cucurbit[6]uril as a Potential Detector for Cocaine and Its Adulterants Lidocaine, Caffeine, and Procaine.
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Citações Web of Science: 0.
DE OLIVEIRA, VINICIUS M.;
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MOURO, PAULO R.;
DE OLIVEIRA, JR., ANTONIO B.;
DE CARVALHO, SIDNEY J.;
LEITE, VITOR B. P.
pH and Charged Mutations Modulate Cold Shock Protein Folding and Stability: A Constant pH Monte Carlo Study.
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JAN 2020.
Citações Web of Science: 0.
DE OLIVEIRA, VINICIUS MARTINS;
CONTESSOTO, VINICIUS DE GODOI;
DA SILVA, FERNANDO BRUNO;
ZAGO CAETANO, DANIEL LUCAS;
DE CARVALHO, SIDNEY JURADO;
PEREIRA LEITE, VITOR BARBANTI.
Effects of pH and Salt Concentration on Stability of a Protein G Variant Using Coarse-Grained Models.
BIOPHYSICAL JOURNAL,
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JAN 9 2018.
Citações Web of Science: 8.