Montagem e análise de transcriptomas e metatranscriptomas de fungos lignocelulolíticos

• Processo: 11/23300-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2012
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2012
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Metodologia e Técnicas da Computação
• Pesquisador responsável: Igor Polikarpov
• Beneficiário: Reginaldo Massanobu Kuroshu
• Instituição Sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
• Assunto(s): Transcriptoma Biologia computacional Montagem Bioenergia Lignocelulose
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioenergia | Lignocelulose | Metatranscriptoma | montagem | Transcriptoma | Bioinformática

Resumo

O aproveitamento de biomassa vegetal para produção de produtos como biocombustíveis é de grande interesse para se reduzir o uso de combustíveis fósseis. Apesar de existirem processos bioquímicos baseados em coquetéis de enzimas capazes de extrair os açúcares dos polisacarídeos que compõem a biomassa de plantas, esses processos ainda não são capazes de quebrar a estrutura lignocelulósica eficientemente. Com o objetivo de analisar como consórcios microbianos na natureza conseguem degradar a lignocelulose, este projeto propõe a aplicação de métodos metatranscriptômicos e proteômicos de microorganismos celulolíticos para a descoberta de novas enzimas e proteínas para a digestão da lignocelulose. Estudos metagenômicos recentes, que se limitam a buscar por similaridades com sequências conhecidas, não são capazes de identificar novas enzimas que não compartilham similaridades com sequências conhecidas. Portanto, esta proposta foca-se no estudo de métodos e estratégias para montagem de transcriptomas e metatranscriptomas sequenciados com sequenciadores de DNA de segunda geração. Serão feitas também análises de sequências para identificar transcritos candidatos para expressão de proteínas de interesse.