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Ferramenta computacional para identificação de micro-organismos com base em assinaturas genômicas

Processo: 13/15174-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2013
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica de Processos e Sistemas
Pesquisador responsável:Jose Luiz Rybarczyk Filho
Beneficiário:Tahila Andrighetti
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Assunto(s):Metagenômica   Entropia (termodinâmica)   Sequências repetitivas do ácido nucleico   Guanina   Citosina   Teoria da informação

Resumo

O avanço das tecnologias de sequenciamento de DNA permitiu a diminuição de seu custo e o aumento de sua velocidade, consequentemente causando um aumento considerável no montante de dados gerados. Entretanto, o desenvolvimento de algoritmos eficientes para a análise desses dados não tem acompanhado esse progresso, principalmente tratando-se de dados metagenômicos. A Metagenômica consiste no sequenciamento de vários microorganismos de uma amostra de um determinado ambiente sem que haja a necessidade de isolamento dos mesmos. É importante para a caracterização de ambientes, pois a maioria dos microorganismos não podem ser cultivados em laboratório. As sequências obtidas por metagenômica são pequenos fragmentos com não mais de 700pb, que geralmente são identificados a partir do alinhamento com genomas inteiros armazenados em bancos de dados. Contudo, essa metodologia de análise é demorada e não se mostra tão precisa quando utilizamos pequenos fragmentos de DNA, pois fatores biológicos como transferência lateral de genes e rearranjos cromossômicos interferem no resultado. Uma das alternativas para facilitar essa caracterização é a utilização de assinaturas genômicas para uma análise prévia das sequências. Assinaturas genômicas são padrões de organização das sequências formadas pela pressão de seleção dos meios em que os organismos vivem. Elas são específicas de cada espécie, e quanto mais próximos da escala evolutiva dois organismos estiverem, menos modificadas serão suas assinaturas genômicas. Esse método não sofre as mesmas interferências do alinhamento, pois as assinaturas estão presentes no genoma inteiro. Neste projeto utilizaremos medidas de organização de sequências em fragmentos de DNA de várias espécies de microrganismos, com o intuito de encontrar assinaturas genômicas que possam ser utilizadas para auxiliar na identificação dos fragmentos a nível de gênero, reduzindo as possibilidades a serem analisadas e assim simplificando as metodologias de caracterização de sequências. (AU)

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Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
ANDRIGHETTI, Tahila. Ferramenta computacional para identificação de micro-organismos com base em assinaturas genômicas. 2015. 53 f. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências (Campus de Botucatu)..

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