Desenvolvimento de um algoritmo para a montagem do genoma poliploide de cana-de-açúcar

• Processo: 13/21503-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2013
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Acordo de Cooperação: Microsoft Research
• Pesquisador responsável: Glaucia Mendes Souza
• Beneficiário: Pablo de Morais Andrade
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Empresa: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Química (IQ)
• Vinculado ao auxílio: 12/51062-3 - Desenvolvimento de um algoritmo para a montagem do genoma poliplóide de cana-de-açúcar, AP.BIOEN.PITE
• Assunto(s): Cana-de-açúcar Bases de dados genéticas Genomas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Genome assembly | Genome-wide association study | sugarcane | Bioinformática

Resumo

The Signal Transduction Laboratory maintains the infra-structura for tool development and maintanance of the SUCEST-FUN database. Through a new server that will be obtained through the present grant the database will be made public and a series of tools will be developed to keep the infra-structure for safe net and web services, web applications, databases, SSH and FTP connections, backup systems in DLT72 tape and DVD media. The database is being developed to integrate and store expression data associated to sucrose, drought and lignin, besides others obtained through the SUCAST and Sugarcane Transcriptome projects.This database contains information on SUCEST ESTs, SAS, protein sequences, protein domains BLAST against Genbank, PFAM, KEGG, GO that with the sequencing of the sugarcane genome should be integrated with the contig data allowing for gene annotation, the identification and characterization of sugarcane promoters, the identification of CREs in grasses and the integration of heterogenous data from transcriptomes, molecular markers and physiology. (AU)