Busca avançada
Ano de início
Entree

Desenvolvimento de modelos genético-estatísticos para seleção genômica em Coffea canephora e outras espécies vegetais

Processo: 14/20389-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de janeiro de 2015
Vigência (Término): 30 de abril de 2017
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Antonio Augusto Franco Garcia
Beneficiário:Luís Felipe Ventorim Ferrão
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):16/05127-7 - Desenvolvimento de modelos genético-estatísticos para seleção genômica em Coffea canephora e outras espécies vegetais, BE.EP.DR
Assunto(s):Marcador molecular   Melhoramento genético vegetal

Resumo

Seleção Genômica (GWS) pode ser definida como a seleção simultânea de centenas ou milhares de marcadores moleculares (SNPs), os quais cobrem o genoma de forma densa, de modo que todos os genes de um loco quantitativo (QTL) estejam em desequilíbrio de ligação com uma parte desses marcadores. Assim, os marcadores associados à QTLs, independente da magnitude dos seus efeitos, são usados para explicar a variação genética de um caráter. Simulações e estudos empíricos mostram que essa abordagem apresenta acurácia suficiente para garantir o sucesso em programas de melhoramento genético, quando comparado com os métodos tradicionais de seleção fenotípica. Para tanto, uma das etapas requeridas é a construção de modelos preditivos que contemplem a estimação fidedigna dos efeitos dos SNPs sob características quantitativas de interesse. Apesar da relevância, estudos em plantas envolvendo dados reais ainda são raros na literatura. Assim, este projeto tem a finalidade de desenvolver modelos preditivos que, dentre as utilidades, possam ser aplicados em programas de melhoramento genético vegetal. Dados reais de populações experimentais de café (Coffea canephora) e SNPs identificados via GBS (Genotyping-by-sequencing) serão utilizados no desenvolvimento desses modelos utilizando abordagens frequentista (regressões aleatórias) e Bayesiana. O resultado prático desse estudo será o desenvolvimento de modelos genéticos-estatísticos capazes de associar dados moleculares e genotípicos sob diferentes pressuposições genéticas. A previsão é que esses resultados sejam utilizados na seleção de genótipos precoce, maximizando assim o ganho de seleção e acelerando o lançamento de novas variedades. Além disso, há potencial para que as conclusões deste trabalho sejam expandidas para o cenário de outras espécies vegetais. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
VENTORIM FERRAO, LUIS FELIPE; FERRAO, ROMARIO GAVA; GAVA FERRAO, MARIA AMELIA; FONSECA, AYMBIRE; CARBONETTO, PETER; STEPHENS, MATTHEW; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO. Accurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models. HEREDITY, v. 122, n. 3, p. 261-275, MAR 2019. Citações Web of Science: 0.
GERARD, DAVID; FERRAO, LUIS FELIPE VENTORIM; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO; STEPHENS, MATTHEW. Genotyping Polyploids from Messy Sequencing Data. Genetics, v. 210, n. 3, p. 789-807, NOV 2018. Citações Web of Science: 12.
VENTORIM FERRAO, LUIS FELIPE; FERRAO, ROMARIO GAVA; GAVA FERRAO, MARIA AMELIA; FRANCISCO, AYMBIRE; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO. A mixed model to multiple harvest-location trials applied to genomic prediction in Coffea canephora. Tree Genetics & Genomes, v. 13, n. 5 OCT 2017. Citações Web of Science: 9.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
FERRÃO, Luís Felipe Ventorim. Desenvolvimento e aplicação de métodos genético-estatíticos para predição genômica em Coffea canephora. 2017. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Piracicaba.

Por favor, reporte erros na lista de publicações científicas escrevendo para: cdi@fapesp.br.