Avaliação do efeito de métodos para alinhamento de dados de sequenciamento de nova geração na análise de expressão diferencial de genes em sorgo

• Processo: 15/26990-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2016
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Gabriel Rodrigues Alves Margarido
• Beneficiário: Felipe Estevam Corrêa
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Genômica funcional Expressão gênica diferencial Alinhamento de sequência Sequenciamento de nova geração Transcriptômica Sorgo Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Análise de expressão diferencial | bioinformática | Genômica Funcional | Transcriptômica | Bioinformática

Resumo

O sorgo é o quinto cereal de maior importância econômica do mundo, possuindo potencial para complementar a produção brasileira de etanol durante a entressafra da cana-de-açúcar. Recentemente, esforços voltados ao melhoramento genético da espécie têm ganho destaque. Neste contexto, com o estudo da genômica funcional, é possível determinar como a expressão diferencial dos genes em diferentes condições pode influenciar determinadas características fenotípicas, tais como a produtividade ou a resistência a condições de estresse, de modo a auxiliar o melhoramento genético. Para estes estudos, é necessário utilizar uma das diversas ferramentas de alinhamento de sequências biológicas disponíveis. Porém, pouco é conhecido sobre as vantagens e desvantagens do uso de cada alinhador. Por estes motivos, o presente projeto propõe o estudo do efeito dos diferentes alinhadores de sequências de RNA nos resultados do alinhamento e na análise de expressão diferencial. Para tanto, serão utilizados conjuntos de dados de sequenciamento de RNA de sorgo, que serão pré-processados e, em seguida, alinhados contra o genoma de referência através dos seguintes alinhadores: BWA-mem, Bowtie2, SOAPsplice, Maq, STAR e SNAP. Após o alinhamento, será gerada uma tabela de contagem dos transcritos, com a qual será feita a análise da expressão diferencial. Através da comparação entre os resultados obtidos a partir das diferentes ferramentas, no que diz respeito à acuidade dos alinhamentos, à eficiência computacional e à quantificação da expressão dos transcritos, será possível determinar os efeitos das mesmas sobre a análise da expressão diferencial. Os resultados poderão auxiliar futuras tomadas de decisão sobre os alinhadores mais adequados às condições de estudo.