Extração e purificação de DNA a partir de amostras clínicas e construção de bibliotecas de DNA para sequenciamento NGS

• Processo: 16/18067-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2016
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Nathalia de Campos Rodrigues
• Beneficiário: Nadine Aparecida Vicentini Stefanutto
• Vinculado ao auxílio: 16/50204-0 - Sequenciamento de DNA de segunda geração (NGS) aplicado ao diagnóstico em microbiologia clínica, AP.PIPE
• Assunto(s): Microbiologia Análise de sequência de DNA Técnicas e procedimentos diagnósticos Purificação Extração de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Extração e purificação de DNA | Microbiologia Genômica | Sequenciamento NGS | Extração, purificação de DNA e preparação de bibliotecas genômicas para sequenciamento

Resumo

Os seres humanos são suscetíveis a infecções causadas por uma grande diversidade de agentes patogênicos microbianos, sendo as doenças infecciosas a principal causa de mortalidade humana. Os princípios de Microbiologia aplicados no diagnóstico clínico pouco mudaram ao longo dos últimos 50 anos, sendo o diagnóstico laboratorial baseado em cultura celular e portanto, dependente do isolamento de um organismo viável. Este projeto tem como proposta o desenvolvimento de produtos que possibilitem o diagnóstico rápido e independente de cultura celular utilizando a tecnologia de Sequenciamento NGS; tendo sido comprovada a viabilidade da técnica na Fase 1. As amostras utilizadas neste projeto serão cedidas pelo Laboratório de Análises Clínicas (UNILAB) da cooperativa de trabalho médico UNIMED do município de São Carlos e pelo setor de Microbiologia do Laboratório Clínico do Hospital Israelita Albert Einstein (HIAE). A extração de DNA a partir de amostras clínicas será realizada de forma automatizada utilizando a metodologia de purificação por beads magnéticas. As bibliotecas de DNA adequadas para o sequenciamento serão preparadas utilizando kit Nextera® XT Sample Preparation (Illumina) e as corridas de sequenciamento realizadas no sequenciador MiSeq Desktop Sequencer (Illumina) disponível no laboratório da empresa QGene, sede do projeto.