Análise comparativa do genoma plastidial de espécies do gênero Coffea nativas de Madagascar

• Processo: 18/17327-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Douglas Silva Domingues
• Beneficiário: Daniel Rodrigo Dovigo
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Rio Claro. Rio Claro , SP, Brasil
• Assunto(s): Germoplasma Cloroplastos Organelas Fotossíntese Algoritmos evolutivos Processos bioquímicos Análise qualitativa comparativa (QCA) Análise estrutural
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: cloroplasto | Germoplasma | Genomica comparativa de cloroplastos

Resumo

Os cloroplastos são organelas presentes nas células vegetais responsáveis por importantes processos bioquímicos como a fotossíntese e a regulação de vias metabólicas. Tais organelas possuem um genoma próprio altamente conservado, distribuído de maneira circular e dividido em quatro regiões - duas regiões invertidas e repetidas (IR), uma região de cópia única maior (LSC - Large Single Copy) e uma região de cópia única menor (SSC - Small Single Copy) - com tamanho aproximado entre 120kb a 180kb. Por seu alto nível de conservação o genoma cloroplastidial tem sido utilizado como ferramenta na comparação de genomas e na obtenção de dados evolutivos de espécies vegetais. O presente projeto tem por objetivo a montagem, a anotação e a comparação do genoma de três espécies silvestres do gênero Coffea: C. perrieri, C. sakarahae e C. bonnieri, nativas da Ilha de Madagascar. A análise da estrutura do genoma dos cloroplastos combinada com estudos filogenômicos em tais espécies e em outras representantes das famílias Lamiaceae, Rubiaceae e Solanaceae certamente poderiam auxiliar na compreensão da história evolutiva de Coffea. Os dados de sequenciamento gerados neste projeto nos permitirão investigar diferentes aspectos da estrutura e evolução do genoma do cloroplasto de Coffea e disponibilizar à comunidade científica informações e ferramentas para novos estudos evolutivos, genômicos e biotecnológicos a este gênero.