Montagem de mock reference e busca de SNPs para Megathyrsus maximus

• Processo: 19/10747-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2019
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Anete Pereira de Souza
• Beneficiário: Lucas Leme Pinheiro
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Plantas forrageiras Genômica Técnicas de genotipagem Polimorfismo de um único nucleotídeo
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Forrageiras Tropicais | mock reference | single nucleotide polymorphism | Genômica

Resumo

Megathyrsus maximus (sin. Panicum maximum) é a segunda espécie de forrageira tropical mais comercializada no Brasil e se destaca pela alta produtividade e adaptabilidade a diferentes tipos de solo. Devido ao seu complexo genoma autotetraploide, poucas são as informações genéticas disponíveis. Genomas de espécies filogeneticamente próximas têm sido utilizados como referência na identificação de SNPs (Single Nucleotide Polimorphism) de M. maximus em estudos genômicos. Entretanto, caracteres apomórficos de interesse econômico da forrageira não são incluídos nessas abordagens. Nesse contexto, o projeto visa a construção de um Mock Reference para M. maximus a partir de dados de genotipagem por sequenciamento (GBS - Genotyping By Sequencing) obtidos previamente e a identificação de marcadores SNPs com base no alinhamento dos dados de GBS com o genoma Mock. A montagem desse genoma e a busca dos marcadores serão realizadas pelo pipeline GBS-SNP-CROP, uma vez que possui estratégias para realizar a chamada de SNPs em cenários em que não há um genoma disponível. Os marcadores identificados poderão complementar o mapa de ligação construído pelo nosso grupo e também poderá ser utilizado em estudos genômicos posteriores, portanto, contribuirá para o aumento do conhecimento da espécie e de outras forrageiras.