Integração de metataxonômica e dados de transcriptômica do hospedeiro em milho

• Processo: 23/11133-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Diego Mauricio Riano Pachon
• Beneficiário: Renato Augusto Corrêa dos Santos
• Supervisor: Jason Wallace
• Instituição Sede: Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of Georgia, Athens (UGA), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 21/11057-0 - Identificação de módulos de genes co-expressos com novos fatores de transcrição envolvidos na biossíntese de hemicelulose em gramíneas C4, BP.PD
• Assunto(s): Ecologia microbiana Expressão gênica Microbiota Milho Transcriptômica Interações entre hospedeiro e microrganismos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Associação hospedeiro-microrganismo | Ecologia microbiana | expressão gênica | Microbioma | milho | Transcriptômica | Transcriptômica da interação planta-microbioma

Resumo

CoNekT Grasses é uma plataforma para análise comparativa de transcriptômica e que permite aos pesquisadores terem insights sobre a expressão gênica com base em perfis e redes de coexpressão. Abordagens, incluindo genômica, transcriptômica, e meta-taxonômica têm ganhado importância para a compreensão da interação hospedeiro-microbioma. Desta forma, a integração deste tipo de dados no CoNekT Grasses aumentaria nosso conhecimento sobre o sistema hospedeiro-microbioma. A disponibilidade de datasets pareados de expressão gênica e microbioma das mesmas amostras permite o cálculo de métricas de associação, que por sua vez podem levar a insights únicos e informativos. O grupo do Prof. Wallace e/ou seus colaboradores recentemente geraram dados de transcriptoma e meta-taxonômica da folha para aproximadamente 300 genótipos de milho que representam a diversidade genotípica e fenotípica das variedades modernas da cultura (Goodman Maize Association Panel), e que estão disponíveis para este projeto. Previamente já foram exploradas associações entre o genótipo das amostras e a composição do microbioma. Nesta proposta, temos dois principais objetivos, 1) explorar as associações entre a expressão dos genes e a composição do microbioma 2) estender o CoNekT Grasses para incorporar dados de meta-taxonômica. O estágio no exterior compreende uma oportunidade valiosa de estudar os métodos para explorar as relações entre dados de expressão gênica e microbioma utilizando milho como modelo. Análises na plataforma após incorporação destas funcionalidades beneficiarão estudos futuros de culturas importantes no Brasil. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

PELLEGRINETTI, THIERRY ALEXANDRE; MONTEIRO, GABRIEL GUSTAVO TAVARES NUNES; LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO; DOS SANTOS, RENATO AUGUSTO CORREA; BARROS, ARTUR GOMES; MENDES, LUCAS WILLIAM. PGPg finder : A comprehensive and user-friendly pipeline for identifying plant growth-promoting genes in genomic and metagenomic data. RHIZOSPHERE, v. 30, p. 9-pg., 2024-06-01. (23/07080-1, 19/16043-7, 21/11057-0, 23/11133-3)