Investigação compreensiva de rearranjos cromossômicos complexos com tecnologias genômicas inovadoras

• Processo: 23/14043-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2024
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Maria Isabel de Souza Aranha Melaragno
• Beneficiário: Bruna Ferreira Burssed dos Santos
• Supervisor: Alexander Hoischen
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Radboud University Medical Center (Radboudumc), Holanda
• Vinculado à bolsa: 22/03989-2 - Rearranjos complexos: mecanismos de formação e relação com o fenótipo, BP.DR
• Assunto(s): Fenótipo Citogenômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Complex Rearrangements | Long-read sequencing | Mechanisms of formation | Optical genome mapping | phenotype | Ring chromosomes | Citogenômica

Resumo

As alterações cromossômicas estruturais decorrem de quebras e rearranjos nos cromossomos, podendo alterar a quantidade de material genético presente na célula, danificar genes ou reorganizar elementos genômicos (regulatórios). Alguns exemplos são os rearranjos complexos, que envolvem no mínimo três pontos de quebra, e os cromossomos em anel, que são moléculas de DNA circulares. Diversos mecanismos têm sido propostos para a formação de rearranjos cromossômicos sendo esses indicados por meio da análise da sequência do DNA dos pontos de quebra. Os dados do sequenciamento também são capazes de apontar fatores de risco para rearranjos cromossômicos pois esses podem ser moldados por certas características relacionadas aos mecanismos de reparo do DNA. No presente estudo, serão estudados pacientes com rearranjos complexos e cromossomos em anel por meio de uma gama compreensiva de técnicas, incluindo cariotipagem, array genômico, mapeamento óptico do genoma e sequenciamento (com long-reads), com o objetivo de caracterizar os rearranjos e relacioná-los aos possíveis mecanismos de formação bem como entender a patofisiologia possivelmente associada. O projeto se beneficiará da aplicação de duas técnicas genômicas inovadoras: 1) mapeamento óptico do genoma para acelerar o estudo de rearranjos complexos que dificilmente poderiam ser investigados por outras metodologias; 2) sequenciamento com long-reads para resolver completamente os rearranjos a nível de par de base inclusive em regiões complexas do genoma humano. Será realizada também a investigação da correlação cariótipo-fenótipo pois os resultados obtidos permitirão uma melhor compreensão das bases genéticas (codificadoras e regulatórias) envolvidas nos fenótipos alterados por meio da identificação de possíveis genes candidatos para as anomalias. Com o uso dessas técnicas genômicas inovadoras nesse projeto, pretendemos resolver "problemas antigos de citogenética".