Desenvolvimento de análises em bioinformática na ecotoxicologia marinha: transcriptoma do anfípodo Tiburonella viscana.

• Processo: 24/00963-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Oceanografia - Oceanografia Biológica
• Pesquisador responsável: Lucas Buruaem Moreira
• Beneficiário: Olívio de Araujo Netto
• Supervisor: Tomaso Patarnello
• Instituição Sede: Instituto do Mar (IMar). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus Baixada Santista. Santos , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Università Degli Studi Di Padova, Campus Agrípolis - Legnaro, Itália
• Vinculado à bolsa: 22/14868-1 - Estudo do transcriptoma do anfípodo escavador Tiburonella viscana exposto a sedimentos contaminados., BP.MS
• Assunto(s): Biodiversidade Biologia computacional Ciências ômicas Crustacea Poluição do mar Ecotoxicologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: biodiversidade marinha | bioinformática | ciências ômicas | Crustacea | poluição marinha | Toxicidade de sedimentos | Ecotoxicologia

Resumo

A poluição marinha é uma das principais ameaças à biodiversidade e os testes de toxicidade são importantes ferramentas para descrever e identificar os riscos ecológicos resultantes da contaminação. A consolidação das tecnologias ômicas através do sequenciamento de nova geração (NGS) como a transcriptômica permite a decodificação de mecanismos moleculares de toxicidade e biomarcadores específicos, fundamentais para a descrição de eventos iniciadores das vias de efeitos adversos, tornando-se essencial para o monitoramento, controle e remediação da poluição. Para isso, é fundamental a formação de recursos humanos para a consolidação das técnicas de bioinformática na ecotoxicologia marinha. Sendo assim, o presente projeto tem como objetivo a realização de um treinamento para o desenvolvimento de análises em bioinformática dos transcriptomas do anfípodo escavador T. viscana, um dos principais modelos utilizados no Brasil. Testes de toxicidade foram realizados em laboratório, e o RNA dos organismos foram extraídos e sequenciados na plataforma Illumina NextSeq, gerando 34 transcriptomas (arquivos formatos FASTQ). A partir dos dados gerados, serão realizadas durante o treinamento as seguintes etapas de análise: qualidade dos fragmentos (FASTQC e trimagem), eliminação dos RNAs ribossomais, montagem de novo de transcriptomas (Trinity, RNASpades e BUSCO) e categorização dos genes expressos (Kallisto e PCA), análise funcional dos transcritos (clusterProfiler) e produção de gráficos dos genes diferencialmente expressos (RLE). Ao final do treinamento, os conhecimentos adquiridos serão transferidos através de uma disciplina no âmbito da pós-graduação da Instituição sede.