Ecologia, evolução e modo de vida do fitopatógeno diazotrófico Herbaspirillum rubrisubalbicans por meio de genômica comparativa

• Processo: 24/00468-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Filipe Pereira Matteoli
• Beneficiário: Beatriz Augusto Domingos
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências (FC). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Bauru. Bauru , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Fitopatógenos Fixação de nitrogênio Microbiologia ambiental
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Fitopatógenos | fixação de nitrogênio | Genômica de microorganismos | microbiologia ambiental | Genômica de bactérias

Resumo

A presença de genes nif em genomas de bactérias, codificadores para a enzima nitrogenase que atua na fixação do nitrogênio atmosférico, é amplamente aceita como prova inequívoca do genótipo promotor do crescimento vegetal. O bacilo Gram-negativo fitopatogênico Herbaspirillum rubrisubalbicans foi amplamente reportado como possuidor dos genes nif e capaz de fixar N2 atmosférico. Pouco se sabe sobre a biologia de H. rubrisubalbicans além da sua capacidade de fixar nitrogênio e de causar doenças em um seleto grupo de plantas de interesse agronômico. Essa dicotomia ecológica, somada a presença constitutiva de nif em todos os genomas da espécie e ao posicionamento filogenético basal de H. rubrisubalbicans no gênero Herbaspirillum delineiam esta espécie como modelo promissor para investigar outros possíveis papéis do cluster nif e a relação genótipo-fenótipo, com ênfase na dualidade plant growth promoting bacteria (PGPB)-patógeno. Por estes motivos, esse projeto almeja estudar os nove genomas disponíveis de H. rubrisubalbicans, a fim de conhecer suas rotas metabólicas e anotar a presença de genes de interação, tanto benéficas quanto patogênicas presentes nestas bactérias. Também será estudado o conjunto de genes preditos para esta espécie, denominado de pangenoma, bem como será realizada a identificação de regiões únicas e oriundas de transferência horizontal. Finalmente, análises detalhadas da região genômica do cluster nif possibilitarão comparar essas sequências e elucidar o fluxo gênico deste cluster na família Oxalobacteraceae.